Malaysia er kjent for sitt biologiske mangfold og har 15 000 blomstrende planter. Imidlertid er nasjonens flora og fauna under alvorlig trussel og har opplevd en uttømming av 70 prosent av den opprinnelige veksten. I følge International Union for the Conservation of Nature (IUCN) Red List, har Malaysia 686 truede plantearter per 2007. Malaysiske lover beskytter fugler, pattedyr og insekter. Flora og fauna er bare beskyttet hvis de vokser i en nasjonalpark eller reservat.
De viktigste skogtypene i Malaysia er Giam Kanching eller sjelden dipterocarpskog, mangroveskog, torvsumpskog og montane ericaceous forest, ifølge Worldwide Wildlife Fund. Dipterocarp-treet, kjent for sin frukt med tovingede frø, vokser på land som ligger rett over havet til en høyde på omtrent 900 meter. Lavlands dipterokarpskog, som finnes opptil 300 meter over havet, er desimert på grunn av jordbruk og andre landkrevende aktiviteter. Mens en lomme med dipterokarpetrær er beskyttet i Kanching Forest Reserve, blir denne arten ansett som kritisk truet - på randen av utryddelse - på rødlisten.
Denne kjøttetende tropiske planten vokser bare i mose skoger i 2000 til 2600 meters høyde på Trus Madi-fjellet i Borneo. Nepenthes macrophylla har kandeformede blader som dingler fra ti meter lange vinstokker. Insekter glir fra den voksagtige toppen av blomsten i et basseng av syre som utskilles av kjertler i den nedre delen av blomsten, ifølge ASEAN Review of Biodiversity & Environmental Conservation. IUCNs rødliste har kategorisert Nepenthes macrophylla som kritisk truet.
Betraktet som kritisk truet på rødliste, er Taxitheliella richardsii en mose i familien Sematophyllaceae og innfødt i Malaysia. Det eneste kjente området (mindre enn 10 km²) hvor mosen er funnet, er i Sarawak, en malaysisk stat nord for Borneo. Taxitheliella richardsii vokser på treaktige vinstokker og råtne tømmerstokker i subtropiske skoger, et habitat som forsvinner på grunn av trehøsting og hogst.