Det marine økosystemet er under alvorlig stress; på mange områder er forholdene som er nødvendige for å opprettholde livet enten i fare eller ikke eksisterer. Ødeleggelsen av marine habitater er spesielt utbredt langs kystlinjer der befolkningen har økt. Tap av habitat, forurensning, overfiske, destruktiv fiskemetode og global oppvarming alle undergraver det marine miljøet.
Kystlinjer
Tap av habitat, forurensning, avrenning og økt saltholdighet ødelegger korallrev, sjøgress og andre habitater for fugler og fisk. Når kystnære våtmarker fylles ut for å imøtekomme voksende menneskelige populasjoner, reduserer oppdemming av elver strømmen av ferskvann, reduserer avrenning av næringsstoffer og hindrer fiskevandring. Mindre ferskvann betyr økt saltholdighet i våtmarker og elvemunninger, noe som skader gressene som renser vann når det strømmer til havet. Erosjon forårsaket av avskoging sender silt i elver, bekker og til slutt havet og blokkerer sollyset som trengs for korallrev for å overleve.
Overfiske
Maksimal bærekraftig avling beregnes av fiskeribiologer for å estimere mengden fisk som kan høstes fra en befolkning uten å risikere dens langsiktige levedyktighet. Mellom 1974 og 1999 tredoblet andelen fiskerier som overgikk det maksimale bærekraftige utbyttet av torsk, fra 10 prosent til 30 prosent. Ifølge Center for Ocean Solutions, siden den tidlige 1990-tallet samlet fangst i en av verdens mest produktive fiskerier, Okhotskhavet, har redusert mellom to og to og en halv gang pga overfiske. I Stillehavet administrerer ikke mer enn halvparten av øya-nasjonene sine korallrev på en bærekraftig måte.
Havbunn
Kommersielle fiskefartøy bruker en praksis kjent som bunntråling, og drar store garn som er festet til tunge vekter over havbunnen. Målrettede arter inkluderer reker, torsk, såle og flyndre, men alt langs havbunnen fanges opp. Bunntråling kan etterlate det marine økosystemet permanent skadet, og bifangsten (arter som ikke er målgrupper, som havskilpadder, sjøfugler og pattedyr), blir ganske enkelt kastet over bord. Bifangst kan utgjøre 90% av den totale fangsten, og utrydningstruet fisk og havkoraller blir ofte drept.
Forsuring
Når klimaet varmes opp, absorberer havet mer karbondioksid, noe som gjør det surere. Økt surhet hemmer marine organismeres evne til å utvikle skjell, og dette inkluderer de små dyrene kalt plankton som danner basen til havets matnett. Noen forskere antyder at dette også vil føre til at noen marine arter slipper ut færre av svovelforbindelsene som fremmer skydannelse, som avkjøler jorden. Klimamodeller forutsier at dette vil føre til ytterligere oppvarming i 0,5 grader Celsius (0,28 grader Fahrenheit) i løpet av dette århundret.