Intet økosystem er helt fritt for sediment. I vannmiljøer kan dets tilstedeværelse true helsevesenet til økosystemene. Sediment kan skyne vannet, noe som igjen kan påvirke planter og dyr på disse stedene negativt. Avhengig av type sediment kan det også oppstå flere problemer. Det kan ha både organiske og uorganiske kilder, enten det er alger som flyter i vannet eller suspenderte jordpartikler fra en erodert strandlinje.
Sedimentforurensning
En av de primære negative effektene av sediment i økosystemet gjelder sedimentets natur. Landbruks- og byavrenning kan inneholde giftige materialer, som kan skade eller til og med drepe organismer i et økosystem. I følge US Environmental Protection Agency (EPA) er avrenning fra jordbruksområder den viktigste årsaken til forurensning i amerikanske vannveier. Avrenningen kan omfatte sediment fra plantevernmidler og gjødsel, samt dyreavfall og bakterier.
Filtermatere
Noen dyrearter er spesielt følsomme for effekten av sediment, med forurensning som raskt akkumuleres i dyrevev. Filtermatere som blåskjell og muslinger får mat ved å filtrere vann gjennom kroppen, noe som gjør dem spesielt utsatt for tilstedeværelse av sediment. Andre arter som laks trenger klart vann for å finne byttedyr. Høye nivåer av suspendert sediment kan forstyrre deres evne til å finne mat, og risikere økosystemets helse ved å forstyrre byttedyr-rovdyr-forholdet.
Våtmarker og vannfiltrering
Våtmarker påvirker sedimentbelastningen i økosystemet ved å redusere vannstrømmen, noe som gjør at suspenderte partikler kan falle ned til bakkenivå. Denne filtreringshandlingen er en viktig miljøfordel fordi den fjerner sedimentet fra vannet. I bunn og grunn blir sedimentet, enten det inneholder forurensninger eller ikke, låst i sedimentlaget i våtmarkene. Virkningen av forurensningene dempes deretter.
Jorderosjon
En måte som sediment kommer inn i et økosystem er gjennom jorderosjon. Vann som strømmer over bare jord vil lett fjerne sediment, der det senere vil bli avsatt i miljøet. Tette overflater, som veier og parkeringsplasser, letter jorderosjon. Uten planter som bremser det, øker vannstrømmen, slik at den kan grave dypt i strømbanker.
Forebygging / løsning
Den beste måten å kontrollere de negative miljøeffektene av sediment er å forhindre innføring i miljøet. Å plante tett bunndekke langs strømbanker og kystområder vil bidra til å holde jorda intakt og hindre dem i å vaske bort. Restaurering av våtmarker i flomslett og andre områder vil forbedre vannkvaliteten ved å fjerne suspendert sediment fra vannet.