Kambodsja har den tredje høyeste avskogingsgraden i verden, motivert av tømmerhøsting, så vel som tydelig for landbruket. Avskoging ødelegger habitater og forstyrrer balansen mellom delikate tropiske jordarter. Uten at trær holder jorden på plass og fyller på organisk materiale med bladsøppel, eroderer jorden raskt og mister mye av fruktbarheten de første årene av dyrking.
Kambodjas kystøkosystemer, hvorav mange er mangroveskog som gir viktige gytefelt for fisk og beskyttelse mot flom, er truet av flere faktorer. Kystøkosystemer blir kvalt av sediment skyllet løs fra nylig avskogte områder i innlandet. Disse farvannene bærer også farlige plantevernmidler og gjødsel. Dårlig regulerte rekefarm fører til at mangrover blir ryddet og frigjør overflødig næringsstoffer i vannet, noe som resulterer i gjengroing av alger og forstyrrelse av økosystemet.
Mens Kambodsja industrialiserer seg, strømmer folk til urbane områder, som vokser for fort til at sanitærinfrastruktur kan følge med. Mange områder har ingen avløpssystemer, eller de er i beste fall dysfunksjonelle. Kloakk og industrielt avløp forurenser grunnvann og overflatevann i mange byområder. Farlig fast avfall finner ofte veien til åpne fyllinger der det kan lekke ut i grunnvann eller blåses av vinden.
