Eukaryoten zijn alle soorten organismen met complexe cellen die mitochondriën, kernen en andere celdelen bevatten. De drie belangrijkste celgroepen zijn schimmels, planten en dieren. Veel schimmels zijn slechts oppervlakkig verwant aan planten. Ze lijken misschien een beetje op planten en hebben celwanden die lijken op plantencelwanden, maar er is een frenologische boom die laat zien hoe schimmels nauwer verwant kunnen zijn aan dieren dan aan planten. Omdat dieren in de evolutionaire geschiedenis dichter bij schimmels staan dan planten, zou men kunnen zeggen dat een paddenstoel nauwer verwant is met een mens dan met groenten op een saladebar.
Eiwit
De eiwitsequenties van schimmels lijken meer op dieren dan op planten. Cellulair slijmzwameiwit lijkt bijvoorbeeld meer op dierlijk eiwit dan op plantaardig eiwit. De lengte van de ribosomen in schimmels vertonen een aminozuur dat lijkt op spieren. In feite zijn er verschillende aminozuursequenties die vergelijkbaar zijn met zware-keten-eiwitten bij zoogdieren. Een van deze aminozuren is voor 81 procent identiek aan een menselijk aminozuur.
chlorofyl
Plantaardige cellulose is anders dan schimmelcellulose. Wanneer geröntgend is plantaardige cellulose meer kristallijn dan schimmelcellulose. Zowel schimmels als dieren bevatten geen chloroblasten, wat betekent dat noch schimmels, noch dieren fotosynthese kunnen verwerken. Chlorofyl maakt planten groen en zorgt voor plantenvoeding. Schimmels daarentegen absorberen voedingsstoffen uit ontbindend plantaardig materiaal via een enzymatisch proces, en dieren nemen hun voedsel op.
Chitine
Schimmels en dieren bevatten beide een polysacharidemolecuul, chitine genaamd, dat planten niet delen. Chitine is een complex koolhydraat dat als structurele component wordt gebruikt. Schimmels gebruiken chitine als het structurele element in de celwanden. Bij dieren zit chitine in het exoskelet van insecten en in de snavels van weekdieren. Chitine werkt op dezelfde manier als plantaardige cellulose, maar chitine is sterker. Studies uitgevoerd op schimmelpolysacchariden toonden aan dat het toevoegen van alkali die stikstof bevatte, schimmels vernietigde en azijnzuur produceerde. Deze chemische reacties kwamen niet voor in plantaardige polysachariden.
Schimmels zijn geen algen
Algen zijn de eenvoudigste en meest primitieve planten. In 1955, Dr. George W. Martin concludeerde dat schimmels afkomstig waren van algen die chlorofyl hadden verloren. Martins hypothese hield er echter geen rekening mee dat de atmosferische omstandigheden anders zouden kunnen zijn geweest toen het leven begon dan in 1955. Martin hield er ook geen rekening mee dat stikstofbindende bacteriën al konden bestaan voordat planten zich ontwikkelden, die als voedselbron voor de schimmels hadden kunnen worden gebruikt. In 1966 heeft dr. A.S. Sussman merkte op dat, hoewel schimmels oppervlakkig op algen leken, er aspecten van schimmels waren, zoals celkernen en organisatie, die niet konden worden verklaard.
sterolen
Sommige biologen hebben aangehaald dat sterolen van dieren en schimmels verschillend zijn, daarom kunnen schimmels niet op dieren lijken. Dieren produceren cholesterol, terwijl schimmels ergosterol produceren. Bij nader onderzoek bevatten zowel schimmel- als dierlijke sterolen lanosterol, terwijl fytosterolen in groene planten cycloartenol bevatten.
Zijn eigen categorie?
Misschien zijn schimmels niet afkomstig van planten of eencellige dieren. Sommige biologen hebben betoogd dat schimmels fylogenetisch verschillen van alle andere eukaryoten. Schimmels lijken uniek te zijn in het feit dat ze alleen een translatie-rekfactor nodig hebben, EF-3 genaamd. Er zijn enkele eiwitactiviteiten die essentieel zijn voor in vivo translatieverlenging.