Als je eenmaal DNA-monsters op een agarosegel hebt gedaan en een foto hebt gemaakt, kun je de foto bewaren voor later, waarna je de resultaten kunt analyseren en interpreteren. Het soort dingen waarnaar u op zoek bent, hangt af van de aard van uw experiment. Als je bijvoorbeeld DNA-vingerafdrukken doet, wil je de grootte van stukjes DNA van twee monsters vergelijken - misschien van de verdachte en van een monster van een plaats delict. Als je daarentegen met plasmiden van bacteriën werkt, moet je er misschien voor zorgen dat het plasmide de insert bevat. De manier waarop u uw gel interpreteert, hangt dus gedeeltelijk af van het experiment dat u deed. Toch zijn er enkele algemene regels die u kunt toepassen.
Houd er rekening mee dat u de instructies in dit gedeelte misschien wel of niet hoeft te gebruiken. Agarosegelelektroforese wordt vaak gebruikt om te bevestigen dat een plasmide een bepaalde insert bevat. Als u niet met plasmiden werkt, kunt u deze sectie overslaan. Als u dat wel bent, kunt u deze instructies volgen.
Merk op dat als u met ongeknipte of gekerfde plasmiden werkt, u de grootte niet kunt schatten met behulp van de procedure uit sectie 1 hierboven. Dat komt omdat ongeknipte en gekerfde plasmiden met verschillende snelheden migreren vanuit lineair DNA.
Vergelijk het aantal banden in elke baan. Bedenk dat een restrictie-enzym DNA knipt op plaatsen waar een bepaalde sequentie, de restrictieplaats genoemd, voorkomt. Als een monster werd behandeld met TWEE restrictie-enzymen, moeten beide een band voor het insert en een band voor de rest van het plasmide aanwezig zijn. Dat komt omdat het insert wordt geflankeerd door twee restrictieplaatsen, elk voor een ander enzym, dus sneden op beide plaatsen zullen het insert van het plasmide bevrijden. Een snede op slechts één plaats daarentegen zal het plasmide omzetten in lineair DNA. Een geknipte steekproef zonder restrictie-enzymen of één restrictie-enzym zou dan een enkele band moeten hebben, terwijl een geknipte steekproef met twee restrictie-enzymen twee banden zou moeten hebben.
Pas op voor banden die zijn gemaakt door gepikt plasmide-DNA. Een gekerfd plasmide heeft slechts een snede in een enkele streng, dus het migreert langzamer dan een geknipte plasmide. Geknipte plasmiden migreren op hun beurt langzamer dan ongeknipt DNA.
Maak een schatting van de grootte van het inzetstuk met behulp van de procedure die wordt beschreven in hoofdstuk 1 en bepaal of het overeenkomt met uw verwachtingen (dit is afhankelijk van het experiment).
Dingen die je nodig hebt
- Potlood
- Papier
- Spreadsheet-programma
- Foto van je gel
- Heerser