Bacteriën zijn kleine eencellige organismen die zowel heilzaam als schadelijk zijn voor de mens. Sommige vormen van bacteriën helpen ons te leven, zoals die welke helpen bij het afbreken van voedsel in onze darmen. Andere vormen, zoals de bacteriën die de builenpest veroorzaken, kunnen een persoon doden als ze niet worden behandeld. Er zijn veel verschillende soorten bacteriën en ze ademen op verschillende manieren. De twee belangrijkste methoden voor bacteriële ademhaling zijn aerobe ademhaling en anaerobe ademhaling.
Aeroob ademende vormen van bacteriën hebben zuurstof nodig om te leven. Ze gebruiken zuurstof als brandstof om energie te verbranden en hen te voorzien van de energie die nodig is voor het leven. Dit type bacteriële ademhaling is dezelfde soort die mensen gebruiken, vandaar de term 'aërobe oefening'. Het belangrijkste bijproduct van aerobe ademhaling door bacteriën is koolstofdioxide.
Veel soorten bacteriën ademen anaëroob. Met andere woorden, ze kunnen het ademhalingsproces doorlopen zonder dat er zuurstof aanwezig is. In plaats van zuurstof te gebruiken om de energie in hun voedsel te verbranden, gebruiken deze soorten bacteriën andere natuurlijk voorkomende chemicaliën om chemische reacties te creëren en de energie vrij te geven die ze nodig hebben. Veel voorkomende natuurlijk voorkomende chemicaliën die worden gebruikt, zijn nitraten, sulfaten en koolstofdioxide. Anaërobe ademhaling in bacteriën creëert over het algemeen veel bijproducten. Veel van deze bijproducten kunnen giftig of gevaarlijk zijn voor de mens en omvatten ethanol en waterstof.