Incuberen betekent een ingestelde temperatuur handhaven. Incubatie van een eendenei is de tijdsperiode tussen het moment waarop het ei na het leggen tot de juiste temperatuur is opgewarmd en het moment waarop het uitkomt. Incubatie is de periode van ontwikkeling van de embryonale eend in het ei.
Volgens het Department of Animal Science aan de Oklahoma State University, broeden de meeste binnenlandse eendensoorten, zoals Pekin-eend, gedurende 28 dagen om uit te komen. Barbarijse eenden hebben 35-37 dagen nodig.
Wilde eenden broeden hun eieren ook ongeveer 28 dagen uit. Aangezien het vrouwtje eend meerdere dagen nodig heeft om al haar eieren te leggen, zal ze niet op het nest gaan "zitten" om de eieren uit te broeden totdat het laatste ei is gelegd, om ervoor te zorgen dat ze rond dezelfde tijd uitkomen andere.
Melvin L. Hamre, een dierwetenschapper aan het University of Minnesota Extension Office, zegt dat de eieren 3 tot 5 keer per dag moeten worden gekeerd, tot drie dagen voordat ze uitkomen. Eendeneieren hebben mogelijk een hogere luchtvochtigheid nodig dan kippeneieren tijdens het broeden, en kunnen het goed doen met een dagelijkse besprenkeling van lauw water. Dit verhoogt het vochtverlies over de eimembranen, waardoor er een grotere luchtzak in het ei ontstaat.
De ontwikkeling van eendenembryo kan ongeveer een week voorafgaand aan de incubatie in de wacht worden gezet door de eieren bij 55-60 F (13-15 C) te houden. Embryo-ontwikkeling begint pas als het ei tot de juiste temperatuur is opgewarmd. De incubatieperiode begint zodra het ei de juiste temperatuur van 99,5 F (37,5 C) bereikt.