Vrouwelijke eekhoorns planten zich voort door te paren en vervolgens levende jongen te baren. Ze kunnen beginnen met het paringsproces op de leeftijd van een jaar. De eerste paartijd begint in de late winter, meestal rond eind februari. Het seizoen kan duren tot mei. De tweede paartijd vindt plaats aan het einde van de lente en duurt tot de late zomer. De meeste eekhoornsoorten hebben twee nesten; één aan het einde van de lente en één aan het einde van de zomer. Sommige soorten dragen maar één keer per jaar een beetje. De baby eekhoorns worden kittens genoemd.
Vrouwelijke eekhoorns verspreiden een sterke geur die de mannelijke eekhoorn kan detecteren. Zodra de mannelijke eekhoorn het vrouwtje ruikt, zal hij haar met hoge snelheden door bomen achtervolgen. Hij zal ook luid met zijn poten op de bast van de boom slaan. Als meer dan één mannetje één vrouwtje achtervolgt, zullen de mannetjes vaak ook proberen elkaar weg te jagen. Dit resulteert in geweldige acrobatiek door de bomen. Het vrouwtje kiest het sterkste mannetje om mee te paren. Ze zal hem vanaf die dag kunnen herkennen en zal er alles aan doen om nooit meer met hem te paren. Na de paring vertrekt de mannelijke eekhoorn voorgoed. Hij heeft niets te maken met het opvoeden van de kittens.
Het gemiddelde nest van een eekhoorn bestaat uit twee tot vijf kittens. De draagtijd is ongeveer zes weken, hoewel sommige soorten eekhoorn een draagtijd hebben van slechts vier weken en andere tot acht weken, zoals de grijze en vosseneekhoorn.
Baby eekhoorns, of kittens, zijn klein bij de geboorte. Ze wegen ongeveer een ons en zijn ongeveer 2,5 cm lang. Ze zijn kaal, hebben geen tanden en zijn de eerste één tot twee maanden bijna blind. Ze groeien echter snel en zijn meestal volledig gespeend als ze tien weken oud zijn. Tegen de tijd dat ze vier maanden oud zijn, hebben de meeste babyeekhoorns het nest van hun moeder voorgoed verlaten.