Alle levende organismen hebben een plaats in de voedselketen, gestructureerd rond de overdracht van levensonderhoudend energie door een ecosysteem: van zonlicht tot plant tot konijn tot bobcat tot made, om een eenvoudige voorbeeld. Omdat bij deze energieoverdracht leden van de voedselketen met elkaar en hun omgeving in een complex, in elkaar grijpend ecologisch systeem, kan het uitsterven van één soort een trapsgewijze effect hebben op anderen.
Verhoogde populatie prooien
Wanneer een roofzuchtige soort wordt bedreigd of uitsterft, verwijdert dit een controle en evenwicht in de voedselketen op de prooipopulatie die eerder door dat roofdier werd geconsumeerd. Bijgevolg kan de prooipopulatie exploderen. Bijvoorbeeld de enorme toename van de populaties witstaartherten in het midden en oosten van de VS in de tweede helft van de 20e eeuw kwam waarschijnlijk gedeeltelijk voort uit verminderde of geheel geëlimineerde populaties van hertenroofdieren, namelijk wolven en poema's. Te veel bladeren als gevolg van dergelijke buitensporige aantallen herten kan de samenstelling van plantengemeenschappen veranderen en een negatieve invloed hebben op de regeneratie van bossen.
Rimpeleffect op andere soorten
Het in gevaar brengen of uitsterven van de ene soort kan de levensvatbaarheid van een andere soort in gevaar brengen. In Groot-Brittannië bijvoorbeeld kelderde de populatie rode mieren als gevolg van het feit dat er minder schapen in weiden graasden; schapen hadden eerder het gras kort gehouden, de habitatvoorkeur van de rode mier. Op zijn beurt leidde het gebrek aan rode mieren tot het uitsterven van een grote vlindersoort die rode miereneieren eet als onderdeel van zijn levenscyclus. Verstoringen van de voedselketen door het verlies van een enkele soort kunnen ook het hele ecosysteem zijn: wanneer zeeotters afnemen, kunnen populaties van zee-egels, een geliefd ottervoedsel, exploderen. De resulterende overbevolking van kelp-kauwende egels kan ondertussen de kelpbossen verminderen en een bedreiging vormen voor tal van mariene soorten die van deze habitat afhankelijk zijn.
Verminderde biodiversiteit
Algemene instabiliteit van ecosystemen als gevolg van verminderde biodiversiteit behoort tot de gevolgen van het uitsterven van soorten. Naarmate het aantal soorten in een voedselketen afneemt, zijn er minder duurzame alternatieven voor leden van de voedselketen die afhankelijk waren van de uitgestorven soort. Biodiversiteit geeft een populatie ook genetische variabiliteit, waardoor deze zich kan aanpassen aan fluctuerende omgevingsomstandigheden. Bijvoorbeeld een studie van tropische regenwouden in West-Afrika, uitgevoerd door ecologen aan de Universiteit van Leeds tussen 1990 en 2010 suggereerde dat biodiversiteit de effecten van klimaatverandering verzacht en boomsoorten helpt zich aan te passen aan droogte voorwaarden.
Verstoorde habitat
Het uitsterven van dier- of vogelsoorten in de voedselketen kan ook de fysieke leefomgeving veranderen. Zo heeft de onbedoelde introductie van de roofzuchtige bruine boomslang in Guam 10 van de 12 inheemse soorten weggevaagd vogelsoorten op het eiland die bijkomende schade aan het bos veroorzaken, volgens een universiteit van Washington studie. Biologen ontdekten dat het uitsterven van de vogels een negatieve invloed had op de bestuiving van bomen, de ontkieming van zaden en de verspreiding van zaden. Zonder vogels om zaden te verspreiden, zijn er in de toekomst van Guam misschien maar een paar bosjes bomen van één soort, die de boshabitat fundamenteel veranderen.