De Filippijnen is een land dat rijk is aan biodiversiteit en endemisme, met veel natuurlijke hulpbronnen die bijdragen aan de economie en de lokale gemeenschappen. De kustlijnen en kusthabitats zijn van bijzonder belang, waarbij visserij, landbouw en industrie allemaal afhankelijk zijn van de waterwegen en het mariene milieu van het land. Bedreigingen voor habitats en verlies aan biodiversiteit zijn het gevolg van verschillende praktijken, waaronder het opruimen van land, niet-duurzame visserij en vervuiling.
Verlies van bosbedekking
Tussen 2000 en 2005 verloor de Filippijnen jaarlijks iets meer dan twee procent van het bosareaal. Dit was het op één na hoogste percentage in Zuidoost-Azië. Vanaf 2005 dacht men dat er nog maar drie procent van het oerbos over was. Snelle ontbossing leidt tot verschillende bedreigingen voor het ecosysteem, waaronder verlies van biodiversiteit, bodemerosie, overstromingen, aardverschuivingen en verminderde waterkwaliteit. Bossen worden bedreigd door commerciële mijnbouw en houtkap.
Afbraak van koraalriffen
De Filippijnen is een wereldwijd centrum voor de biodiversiteit van de mariene kustlijn. Illegale verzameling en export van koralen en levende rifvissen heeft geleid tot aanzienlijke nadelige effecten op de biodiversiteit, de conditie van het koraalrif, de zeegrasbedekking en het aantal vissen. Slechts 5 procent van de riffen heeft meer dan 75 procent levend koraal. Destructieve visserijpraktijken omvatten overbevissing, trawlvisserij, dynamietvisserij en cyanidevisserij, waar cyanide wordt opgelost in water en in riffen wordt gespoten, terwijl andere bedreigingen voortkomen uit vervuiling en erosie.
Bedreigingen voor mangroven
Bedreigingen voor mangroven zijn onder meer overmatige oogst, vervuiling en landontginning voor landbouw en menselijke nederzettingen. Garnalenkweek leidt tot bijna onomkeerbare en economisch kostbare schade aan het gebied, wat nog zorgwekkender is omdat garnalenkwekerijen na slechts drie tot vijf jaar onrendabel worden. Mangrovevernietiging houdt ook verband met aantasting van koraalriffen, aangezien riffen de mangroven beschermen tegen sterke golven en stromingen die het fijne sediment waarop mangroven groeien wegspoelen.
Verlies van biodiversiteit
De Filippijnen wordt beschouwd als een land met een grote biodiversiteit. Het heeft veel unieke flora en fauna; in feite is bijna de helft van de gewervelde landdieren en tot 60 procent van de vaatplanten uniek voor het land. De snelheid van het verlies aan biodiversiteit wordt weerspiegeld in enkele schokkende bevindingen. Vanaf 2006 werd iets meer dan 20 procent van de gewervelde soorten beoordeeld als bedreigd door de International Union for the Conservation of Nature. Ongeveer 127 vogelsoorten worden als bedreigd beschouwd en de inheemse Filippijnse kaketoe, die ooit wijdverspreid was, wordt nu ernstig bedreigd.
