Net iets kleiner dan de Amerikaanse staat Colorado, hebben de ecosystemen van Nieuw-Zeeland met veel te maken milieu-uitdagingen omdat het land zowel een economisch ontwikkelde natie als een eiland is gemeenschap. Hoewel veel ontwikkelde landen, zoals de Verenigde Staten, worden geconfronteerd met vergelijkbare ecosysteembedreigingen, zoals invasieve soorten en industriële vervuiling, eilandnaties zoals Nieuw-Zeeland worden geconfronteerd met toenemende bedreigingen door wereldwijde zeespiegelstijgingen en de druk op natuurlijke hulpbronnen zoals de oceaan visserij.
Invasieve soorten
De introductie door mensen van niet-inheemse dieren en planten in de ecosystemen van Nieuw-Zeeland heeft ernstige gevolgen gehad voor de gezondheid van inheemse soorten. De kiwi, een loopvogel die het nationale dier van het land is, wordt met 90 procent van de dieren met uitsterven bedreigd alle nieuwe kuikens worden gedood door invasieve soorten zoals hermelijnen, volgens het New Zealand Department of Conservation. Invasieve planten zoals de klimasperge tasten ook de bosecosystemen van Nieuw-Zeeland aan door zich over de onderlaag te verspreiden en te voorkomen dat inheemse planten zich regenereren.
Industriële vervuiling
Naar schatting de helft van alle meren in Nieuw-Zeeland is vervuild, de meeste rivieren voldoen niet aan de gezondheidsnormen voor zwemmen, en de helft van alle inheemse vissen wordt vermeld als bedreigde soorten, volgens de Forest and Bird organisatie. De gezondheid van deze waterwegen en hun ecosystemen wordt verslechterd door de drooglegging van natuurlijke wetlands, die als filters voor zoetwaterlichamen fungeren. De Forest and Bird-organisatie schat dat 90 procent van de Nieuw-Zeelandse wetlands is drooggelegd voor aanleg en ontwikkeling.
Klimaatverandering
Als eilandnatie worden de ecosystemen van Nieuw-Zeeland ook bedreigd door de stijgende zeespiegel als gevolg van door de mens veroorzaakte wereldwijde klimaatverandering. Het Nieuw-Zeelandse ministerie van Milieu verwacht dat de verwachte zeespiegelstijging zal leiden tot: toegenomen kusterosie en grotere indringing van zeewater in onder meer brakke estuaria gevaren. Dergelijke veranderingen bedreigen de ecosystemen van duinen en oevergemeenschappen, die verloren kunnen gaan door erosie, en estuaire ecosystemen, die het zoutgehalte van zuiver zeewater niet kunnen verdragen.
Biodiversiteitsvermindering
De verscheidenheid en gezondheid van planten en dieren helpen bij het definiëren van een sterk ecosysteem en worden gewoonlijk biodiversiteit genoemd. In Nieuw-Zeeland hebben de jacht en de vernietiging van leefgebieden geleid tot wat het ministerie van Milieu als "ernstige achteruitgang" beschouwt. Ambtenaren schatten dat 32 procent van de inheemse land- en zoetwatervogels in Nieuw-Zeeland is uitgestorven en er worden nog eens 800 soorten dieren, planten en schimmels overwogen bedreigd.