Galvenais biotopu iznīcināšanas efekts ir bioloģiskās daudzveidības samazināšanās, kas attiecas uz dažādu dzīvnieku un augu sugu daudzveidību un pārpilnību noteiktā vidē. Kad dzīvnieks zaudē dabisko māju vai dzīvotni, kas tai nepieciešama izdzīvošanai, tā skaits strauji samazinās un virzās uz izmiršanu. Tiek lēsts, ka 14 000 līdz 35 000 sugu ir izmiršanas risks, un dzīvotņu iznīcināšana ir viens no galvenajiem cēloņiem.
Apputeksnēšana un sēklu izkliedēšana
Gan savvaļas, gan lauksaimniecības augi ir atkarīgi no apputeksnēšanas. Augļi un dārzeņi, kas ir galvenie cilvēka uztura komponenti, ir atkarīgi no bitēm un citiem kukaiņiem, lai ziedputekšņus pārnestu no zieda uz ziedu. Kad dzīvotņu iznīcināšana samazina šo apputeksnētāju šķirnes, samazinās arī kultūraugu raža. Piemēram, dzeloņainas bites Kostarikā, kas ligzdo tikai mežos, par 20 procentiem palielina ražu kafijas plantācijās, kas atrodas netālu no meža plankumiem. Daudzi augi sēklu izkliedēšanai paļaujas arī uz dzīvniekiem, īpaši tiem, kuri ēd augļus. Šāda veida dzīvnieku dzīvotņu iznīcināšana var nopietni ietekmēt no tām atkarīgās augu sugas.
Klimata regulēšana
Bioloģiskā daudzveidība ietekmē klimatu, galvenokārt regulējot oglekļa dioksīda daudzumu atmosfērā. Meža biotopu iznīcināšana samazina mežu spēju absorbēt oglekļa dioksīdu. Auga augšanas ātrums un koksnainums nosaka oglekļa aprites ātrumu tajā. Ainavu modeļi ir svarīgi arī tāpēc, ka meža fragmentu malās ir samazināta oglekļa sekvestrācija. Jūras ekosistēmām ir arī nozīmīga loma oglekļa sekvestrācijā.
Kaitēkļu un slimību kontrole
Kaitēkļi bieži vēršas pret konkrētiem augu tipiem. Kad dzīvotnes tiek iznīcinātas un augu daudzveidība samazināta, vide satur vairāk noteikta veida augu. Tas atvieglo kaitēkļu izplatīšanos. Augu daudzveidība nodrošina dzīvotnes lielākam kukaiņu un citu dzīvnieku lokam, kā arī kaitēkļu dabiskajiem ienaidniekiem. Sēnīšu augu slimības ir smagākas monokultūras apgabalos, kur tiek kultivēts viens kultūraugu veids.
Netiešie efekti
Pārtikas, apģērba un pajumtes ražošana cilvēkiem daudzos netiešos veidos ir atkarīga no ekosistēmu bioloģiskās daudzveidības. Augsta lauksaimniecības kultūru daudzveidība aizsargā lauksaimniekus no kultūraugu neveiksmēm. Dzīvotņu iznīcināšana un sugu daudzveidības samazināšana var padarīt ekosistēmas neaizsargātākas pret invazīvām sugām un netieši ietekmēt cilvēku veselību un labklājību. Invazīvo sugu iedarbību ilustrē tas, kas notika, kad basi tika ievesti Gatunas ezerā, Panamā. Bass klātbūtnes rezultātā samazinājās moskītu kāpuru plēsēji un palielinājās malārijas sastopamība.