Lai atdalītu ķīmiskos savienojumus no nezināma parauga, zinātniskās laboratorijās tiek veiktas hromatogrāfijas metodes. Paraugs tiek izšķīdināts šķīdinātājā un plūst caur kolonnu, kurā to atdala savienojuma piesaiste pret kolonnas materiālu. Šī polārā un nepolārā pievilcība kolonnas materiālam ir aktīvais spēks, kas liek savienojumiem laika gaitā atdalīties. Divi mūsdienās izmantotie hromatogrāfijas veidi ir gāzu hromatogrāfija (GC) un augstas veiktspējas šķidruma hromatogrāfija (HPLC).
Gāzes hromatogrāfija iztvaicē paraugu, un to pa sistēmu nes inerta gāze, piemēram, hēlijs. Ūdeņraža izmantošana nodrošina labāku atdalīšanu un efektivitāti, taču daudzas laboratorijas aizliedz šīs gāzes izmantošanu tās uzliesmojošā rakstura dēļ. Izmantojot šķidruma hromatogrāfiju, paraugs paliek šķidrā stāvoklī un ar lielu šķīdinātāju, piemēram, ūdeni, metanolu vai acetonitrilu, ar lielu spiedienu tiek izbīdīts caur kolonnu. Dažādas katra šķīdinātāja koncentrācijas atšķirīgi ietekmēs katra savienojuma hromatogrāfiju. Ja paraugs paliek šķidrā stāvoklī, palielinās savienojuma stabilitāte.
Gāzes hromatogrāfijas kolonnām ir ļoti mazs iekšējais diametrs, un to garums var svārstīties no 10 līdz 45 metriem. Šīs kolonnas, kuru pamatā ir silīcija dioksīds, tiek satītas gar apļveida metāla rāmi un uzkarsētas līdz 250 grādu pēc Fārenheita temperatūrai. Šķidruma hromatogrāfijas kolonnas ir arī uz silīcija dioksīda bāzes, bet tām ir biezs metāla korpuss, kas iztur lielu iekšējā spiediena daudzumu. Šīs kolonnas darbojas istabas temperatūrā un ir no 50 līdz 250 centimetriem garas.
Gāzes hromatogrāfijā sistēmā ievadītais paraugs tiek iztvaicēts aptuveni 400 grādos pēc Fārenheita, pirms tas tiek izvadīts caur kolonnu. Tādējādi savienojumam jāspēj izturēt siltumu augstā temperatūrā, nesadaloties vai nesadaloties citā molekulā. Šķidruma hromatogrāfijas sistēmas ļauj zinātniekam analizēt lielākus un mazāk stabilus savienojumus, jo paraugs netiek pakļauts karstumam.