Termins "fosilija" attiecas uz jebkādām iepriekšējās dzīves pēdām. Fosilija var būt organisma atliekas, piemēram, lapas, apvalks, zobi vai kauli, vai fosilija var norādīt uz organisma darbību, piemēram, pēdas, to radītie organiskie savienojumi un urbumi. Dzīvniekiem, augiem un to daļām ir vairākas dažādas fosilijas saglabāšanas metodes.
Sasalšana
Sasaldēšana ir reta saglabāšanas forma, kurā dzīvnieks paliek sasalis no nāves līdz pat atklājums, piemēram, dzīvnieks iekrīt bedrē vai plaisā un sasalst, vai kad dzīvnieks ir ātri sasalusi. Šāda veida saglabāšana rada ideālas neskartas dzīvnieku atliekas, kas bieži vien ietver konservētu ādu, muskuļus, kaulus, matus un iekšējos orgānus. Šajā stāvoklī atklāti parastie dzīvnieki ir aukstumizturīgi dzīvnieki, piemēram, degunradži un matains mamuts no pēdējā ledus laikmeta.
Permineralizācija
Permineralizācija ir visizplatītākais fosiliju saglabāšanas veids. Šī saglabāšanas metode notiek, kad izšķīdušie minerāli gruntsūdenī aizpilda šūnu vietas, piemēram, augu un dzīvnieku mikroskopiskās dobumus un poras. Pēc tam izšķīdušie minerāli kristalizējas un veido akmeņainas fosilijas dzīvnieka vai auga formā, kas satur lielāko daļu sākotnējā cietā materiāla. Organismu, piemēram, zobu, kaulu, čaumalas un koksnes, saglabāšana notiek, veicot permineralizāciju.
Apbedīšana
Apbedīšana ir vēl viens saglabāšanas veids. Šī saglabāšanas metode notiek, ja tādi organismi kā kūdras purvi, kas satur papardes saknes, konusus, celmus un kātiņus, kaļķainas čaumalas, smilšu dolāri, molusku čaumalas un augu atliekas daudzus gadus atrodas zemē apgabalos, kas bagāti ar ļoti koncentrētu miecvielu skābe. Bieži vien šie organismi galvenokārt nemainās, izņemot nelielu sabrukšanu un nelielu krāsas maiņu.
Veidnes un lējumi
Dažos gadījumos saglabāšana notiek dabīgā pelējuma un ģipša veidā. Izmantojot šo saglabāšanas metodi, organisms nogulsnēsies un ar laiku apkārtējie nogulumi sacietēs. Organisms galu galā izšķīst un, ja nav smilšu vai māla, lai aizpildītu atlikušo dobumu, veidojas dabiska organisma pelējums. Ārējā veidne vai pelējuma ārpuse bieži attēlo smalku organisma virsmas detaļu. Dažreiz iekšējā dobumā ir pildviela, piemēram, smiltis vai māls, kas dublē organisma sākotnējo iekšējo virsmu un rada dabisku ģipša sastāvu.