Jaunzēlandes ekosistēmas ir nedaudz mazākas nekā ASV Kolorādo štats, un ar tām saskaras daudzi vides problēmas, jo valsts ir gan ekonomiski attīstīta valsts, gan sala kopiena. Kaut arī daudzas attīstītās valstis, piemēram, Amerikas Savienotās Valstis, saskaras ar līdzīgiem ekosistēmas draudiem, piemēram, invazīvām sugām un rūpniecisko piesārņojumu, tādas salu valstis kā Jaunzēlande saskaras ar pieaugošiem draudiem, ko izraisa pasaules jūras līmeņa paaugstināšanās un spiediens uz dabas resursiem, piemēram, okeānu zivsaimniecība.
Invazīvas sugas
Cilvēku ienākšana svešzemju dzīvniekiem un augiem Jaunzēlandes ekosistēmās ir nopietni ietekmējusi vietējo sugu veselību. Kivi, bezlidojošs putns, kas ir valsts nacionālais dzīvnieks, draud izmiršanas draudiem ar 90 procentiem saskaņā ar Jaunzēlandes saglabāšanas departamenta datiem visus jaunos cāļus nogalina invazīvas sugas, piemēram, mēteļi. Tādi invazīvie augi kā kāpelošie sparģeļi ietekmē arī Jaunzēlandes meža ekosistēmas, izplatoties pa pakārtotni un novēršot vietējo augu atjaunošanos.
Rūpnieciskais piesārņojums
Aptuveni puse no visiem Jaunzēlandes ezeriem ir piesārņota, lielākā daļa upju neatbilst veselības standartiem peldēšana, un puse no visām vietējām zivīm ir uzskaitītas kā apdraudētās sugas, norāda Mežs un putns organizācija. Šo ūdensceļu un to ekosistēmu veselību pasliktina dabisko mitrāju nosusināšana, kas darbojas kā saldūdens objektu filtri. Meža un putnu organizācija lēš, ka 90 procenti Jaunzēlandes mitrāju ir nosusināti, lai tos izveidotu un attīstītu.
Klimata izmaiņas
Jaunzēlandes ekosistēmas kā salu valsti apdraud arī jūras līmeņa celšanās, ko izraisa cilvēku izraisītas globālās klimata pārmaiņas. Jaunzēlandes Vides ministrija paredz, ka prognozētā jūras līmeņa paaugstināšanās novedīs pie pastiprināta piekrastes erozija un lielāka jūras ūdens iekļūšana iesāļa grīvās, cita starpā draudiem. Šādas izmaiņas apdraud kāpu un piekrastes kopienas ekosistēmas, kuras var zaudēt erozijas rezultātā, un estuāru ekosistēmas, kas nespēj panest tīra jūras ūdens sāļumu.
Bioloģiskās daudzveidības samazināšana
Augu un dzīvnieku daudzveidība un veselība palīdz noteikt spēcīgu ekosistēmu, un tos parasti sauc par bioloģisko daudzveidību. Jaunzēlandē medības un biotopu iznīcināšana ir novedusi pie tā, ko Vides ministrija uzskata par "nopietnu kritumu". Amatpersonas lēš, ka 32 procenti vietējo sauszemes un saldūdens putnu Jaunzēlandē ir izmiruši, un tiek uzskatītas vēl 800 dzīvnieku, augu un sēņu sugas draudēja.
