Vandenilis (H2) sprogiai jungiasi su deguonimi (O2) ir sudaro vandenį (H2O). Reakcija yra egzoterminė, kitaip tariant, ji išskiria energiją. Todėl vandenilis ir deguonis dešimtmečius buvo naudojami kaip raketų kuras ne dėl naudos aplinkai, bet dėl to, kad užsidega visas kuro svoris. Kad šis procesas yra švarus, dar 1990-aisiais kai kuriems buvo pasiūlyta, kad būtų ekologiška išplėsti jo naudojimą kaip automobilio degalus. Nors idėja buvo greitai atmesta dėl mokslinių priežasčių, pastaraisiais metais ji atgimė.
Vandenilio, kaip kuro, šalininkai mano, kad perėjimas nuo angliavandenilių prie vandenilio kuro yra naudingas aplinkai. Tiksliau, jie reklamuoja švarumą, kuriuo degina vandenilis, gamindamas tik energiją ir vandenį. Tačiau tai nepaiso gamybos pabaigos, kuri yra labai teršianti.
Maždaug 95 procentai šiuo metu Jungtinėse Valstijose gaminamo vandenilio gaunami perdirbant gamtines dujas, vadinamus „metano garo reforma“. Nors procese naudojamos gamtinės dujos, gaminant susidaro daug CO2 - priešingai nei vandenilio kuro šalininkai duoti.
Vandenilio ir deguonies atskyrimas hidrolizės būdu (naudojant elektrą) yra daug mažiau populiarus nei metano garų reformavimas, nes jis yra neefektyvus; tik apie 70 proc. Pagal dokumentinį filmą „Kas nužudė elektromobilį?“ kuro elementų automobilis, varomas vandeniliu, pagamintas naudojant elektrą, sunaudoja tris keturis kartus daugiau energijos nei automobilis, varomas baterijomis. Tikimasi, kad šis skirtumas didės, nes baterijų technologijos ir toliau tobulės.
Vandenilis gali nutekėti daugeliu jo gamybos ir naudojimo etapų. Žurnalas „Science Magazine“ 2003 m. Birželio mėn. Pranešė, kad vandenilio nutekėjimas dėl plačiai naudojamo vandenilio kuro greičiau suplasdys ozoną nei CFC. Siekiant užkirsti kelią apsauginio ozono sluoksnio pablogėjimui, chlorfluorangliavandeniliai yra uždrausti visame pasaulyje.
Vandenilio automobiliai dar labiau kenkia aplinkai, atitraukdami dėmesį nuo kur kas didesnio elektromobilių efektyvumo. Tyrimų inžinierius Wally Rippel iš „AeroVironment“ pateikė argumentą, kad GM ir „Shell“ kaip būdas stumia vandenilio kuro elementus atitraukti visuomenės dėmesį naudojant technologiją, kuri ateityje yra per toli, kad nepakenktų dabartinei paklausai, ir todėl veikia, kad išsaugotų statusą quo. Priešingai, JAV energetikos sekretorius ir Nobelio atstovas Stevenas Chu pareikalavo atšaukti visus 100 milijonų JAV dolerių savo DoE biudžete vandenilio kuro elementų tyrimams.
Dvi galimybės, kurias tyrėjai siekia išgelbėti vandenilį kaip aplinkai nekenksmingą kurą, yra šios. Argonne National Lab tiria CO2 surinkimą garo metano reformavimo proceso metu. Australijos mokslininkai dirba su saulės energija valdomu gyvenamuoju vandenilio siurbliu - vandenilio kurą sukuria hidrolizės būdu, naudojant fotoelektrą ant savo garažo stogo.