Lyse yra žodis, kilęs iš graikų kalbos ir reiškia tik „susiskaldyti“ arba „sprogti“. susijęs su tuo, kas atsitinka su lizės buferio ląstelėmis - tirpalu, kuris jas pralaužia ir išskiria turinį. Mokslininkai naudoja lizės buferius, kai analizei iš ląstelių išskiria DNR ar baltymus, ypač bakterijų atveju. Ląstelių lizės buferio tipas skiriasi priklausomai nuo eksperimento rūšies, nors toliau pateikiami keli įprasti pasirinkimai.
TL; DR (per ilgai; Neskaiciau)
Lizės buferiai padeda sulaužyti atviras ląsteles, todėl jų turinį galima pasiekti arba pašalinti. Kai kurie pavyzdžiai apima druskas, ploviklius, chelatinius agentus ir inhibitorius bei kai kuriuos šarminius chemikalus.
Buferis ir druska
Buferiai stabilizuoja pH, kol ląstelės dalijasi. Tris-HCL yra viena iš labiausiai paplitusių cheminių medžiagų buferizavimui esant pH 8. Šiuose eksperimentuose HEPES yra dar viena įprasta buferinė cheminė medžiaga. Natrio chlorido druska taip pat gali padidinti jonų stiprumą, bendrą ištirpusių medžiagų koncentraciją už ląstelių ribų. Šis paskutinis punktas turi tam tikrą reikšmę, nes vanduo gali difunduoti ląstelių membranose nuo mažos ištirpusios medžiagos koncentracijos iki didelės ištirpusios medžiagos koncentracijos.
Tirpikliai plovikliuose
Plovikliai ištirpdo ląstelių membranas, todėl ląstelės turinys gali išbėgti. Turi ir amfifatinę molekulinę struktūrą (t. Y. Molekulės, kurių vienas galas lengvai sąveikauja su vandens molekulėmis, o kitos hidrofobinės arba „vandens bijaančios“ galo neturi). Jie gali ištirpinti riebalus, formuodami miceles, mažas grupes, kuriose ploviklio molekulių hidrofobinės uodegos nukreiptos į vidų riebalų molekulių link. Į įprastus ploviklius įeina natrio dodecilsulfatas arba SDS, NP-40 ir tritonX.
Chelatai ir inhibitoriai
Lizės buferiai paprastai taip pat apima chelatinius agentus, tokius kaip etilendiamintetraacto rūgštis (EDTA) arba etilenglikolio tetraacto rūgštis (EGTA). Šios cheminės medžiagos susijungia su metalo jonais dviem teigiamais krūviais (pvz., Magniu ir kalciu), todėl jų negalima pasiekti kitoms reakcijoms. Daugeliui DNR (baltymų, kurie kramto DNR) ir proteazėms (baltymams, kurie pjausto kitus baltymus) reikalingi magnio jonai funkciją, todėl atimdami iš jų šį pagrindinį ingredientą, EDTA ir EGTA padeda sumažinti proteazės ar DNR kiekį veikla. Tačiau jie to visiškai neatmeta, o kai kurios proteazės nepriklauso nuo magnio kofaktorių, todėl lizės buferiai kartais taip pat yra cheminių medžiagų, vadinamų proteazių inhibitoriais, kurios jungiasi su proteazėmis ir neleidžia joms veikti tinkamai.
Šarminė lizė
Šarminė lizė, labai paplitusi plazmidžių valymo nuo bakterijų technika, apima tris tirpalus. Pirmajame yra gliukozės, tris-HCL buferio, EDTA ir RNR. Dėl gliukozės susidaro didelė tirpalo koncentracija už bakterijų ribų, todėl jos tampa šiek tiek suglebusios, todėl jas lengviau lizuoti. EDTA ir tris-HCL veikia taip, kaip jau aprašyta, tuo tarpu RNAse sukramtys bet kokią RNR ląstelės viduje, kad ją pašalintų. Antrasis sprendimas iš tikrųjų lizuoja ląsteles. Šiame yra SDS ploviklio ir NaOH, kurie pakelia pH iki 12 arba daugiau, denatūruodami baltymus ląstelės viduje ir priverčiant DNR atsiskirti į atskiras grandines. Trečiame tirpale yra kalio acetato, kad pH būtų neutralesnis, kad plazmidės DNR grandinės galėtų vėl sugrįžti. Tuo tarpu denatūruoti baltymai susikaupia ir nusėda, o ateina dodecilsulfato jonai kartu su kalio jonais susidaro netirpus junginys, kuris taip pat iškrinta iš tirpalo.