Kvėpavimas susideda iš daugybės reakcijų, kurios pirmiausia vyksta augalų ląstelių mitochondrijose. Kvėpavimas deguonį ir fotosintezės metu susidariusius cukrus paverčia anglies dioksidu, vandeniu ir energija. Be augalo tipo, augalų ląstelių kvėpavimo greitį veikia keli aplinkos veiksniai.
Audinių amžius / gyvenimo etapas

Jaunesnio audinio kvėpavimo dažnis yra didesnis nei senesnio audinio. Taigi šaknies galiuko ir jaunų lapų kvėpavimo dažnis yra didesnis nei senesnių šaknų segmentų ir lapų.
Kai sėkla pirmą kartą absorbuoja vandenį, ląstelių kvėpavimo dažnis greitai padidėja, bet maždaug po 20 minučių išlygėja.
Subrendantys vaisiai sukelia kvėpavimo takų pliūpsnį, kuris baigiasi vaisiams pasiekus didžiausią brandą.
Temperatūra
Kvėpavimo dažnis augalo ląstelėje sumažėja, kai temperatūra mažėja, kol kvėpavimas beveik ar visiškai sustoja aplink užšalimo temperatūrą. Kvėpavimas didėja didėjant temperatūrai, kol pasiekiama labai aukšta temperatūra, todėl audiniai blogėja.
Temperatūra labai veikia kvėpavimą palaikant (daug daugiau nei ląstelės, skirtos augalų augimui). Vidutinio klimato klimato augalų kvėpavimo dažnis žiemą yra daug mažesnis nei šiltomis vasaromis.
Vaisių kvėpavimo dažnį galima kontroliuoti laikant vaisius vėsioje, sausoje vietoje. Žemesnė laikymo temperatūra gali sulėtinti vaisių kvėpavimą ir nokimą.
Deguonis
Kvėpavimas sumažėja, kai sumažėja deguonies kiekis. Esant tokioms aplinkybėms, kai nėra deguonies, pavyzdžiui, blogai drenuojamoje dirvoje, vyksta anaerobinis kvėpavimas (fermentacija). Anaerobinio kvėpavimo metu susidaro anglies dioksidas, šiek tiek energijos ir etanolis. Šio tipo kvėpavimas taip pat naudojamas alkoholiams sukurti.
Kvėpavimo greitis daugumoje augalų pasiekia normalų deguonies lygį atmosferoje.
Anglies dvideginis
Anglies dioksidas, vienas iš kvėpavimo lygties atliekų, taip pat veikia kvėpavimą. Kuo didesnė anglies dioksido koncentracija, tuo mažesnis kvėpavimo greitis.
Žala
Kvėpavimas padidėja tiek tiesiogiai užkrėstose, tiek aplinkinėse ląstelėse, kai pažeidžiami ar užkrėsti augalų audiniai. Dažnai, kai obuolyje yra kirmino skylė, jį supa maža ruda mėlynė - tai rodo padidėjusį kvėpavimą srityje aplink pažeistas ląsteles.
Vandens trūkumas
Sauso audinio kvėpavimo dažnis yra mažesnis nei hidratuoto audinio. Nors sausra daro žymiai didesnę įtaką fotosintezės procesui augalų ląstelėse, turimo vandens trūkumas taip pat neigiamai veikia kvėpavimą.
Galimi cukrūs

Dėl fotosintezės padidėjusio cukraus kiekio padidėja kvėpavimas. Kvėpavimo dažnis viršutinio baldakio lapuose dažnai būna didesnis nei apatinio lapo lapų, nes viršutinio baldakio lapai gamina daugiau cukraus.