Fosilijos išsaugomos dviem pagrindiniais būdais: su pakeitimais ir be jų. Konservavimas su pakeitimais apima karbonizaciją, suakmenėjimą, perkristalizavimą ir pakeitimą. Konservavimas be pakeitimų apima formų naudojimą ir netiesioginių įrodymų rinkimą.
Karbonizacija
Karbonizacija dažnai vyksta išsaugant augalus ir minkštus organizmus. Augalo ar gyvūno liekanos susmulkinamos po uolienos svoriu. Šilumos ir suspaudimo metu dujos, įskaitant vandenilį, azotą ir deguonį, nėra dujos. Palikta anglies plėvelė, buvusio gyvio įspūdis.
Akmenėjimas
Kartais vadinama permineralizacija, suakmenėjimas įvyksta, kai poringa medžiaga, tokia kaip kaulas ar apvalkalas, užpildoma konservuojančia medžiaga, tokia kaip kalcio karbonatas ar silicio dioksidas. Originalus apvalkalas ar kaulas palaidojami žemiau žemės, o vanduo prasiskverbia į paviršių. Požeminiame vandenyje yra kalcio karbonato, užpildančio tuščias medžiagos vietas, kuris laikui bėgant sukietėja ir užpildo poras mineralais, kurie išsaugo daiktą.
Rekristalizavimas
Rekristalizacija dažnai vyksta apvalkalo fosilijose ir yra procesas, kurio metu mažos molekulės kristalai apvalkalo viduje, dažnai susidarančiame iš vienos rūšies kalcio karbonato, gali virsti kitos rūšies kalciu karbonatas. Tai stabilizuoja apvalkalą ir paverčia jį fosilija.
Pakeitimas
Tiek vėžiagyviuose, tiek medienoje pakaitalas yra tada, kai pirminės gyvos būtybės atominę sudėtį ląstelė pakeičia ląstele nauja chemine struktūra. Paprastai cheminę medžiagą, pakeičiančią originalą, lemia požeminis vanduo, kuriame yra fosilija. Dažnas pakeitimo būdas yra silifikavimas. Tai yra tada, kai pirminiai gyvi palaikai pakeičiami silicio dioksidu, kaip ir suakmenėjusių miškų atveju.
Liejimas
Liejimas ir liejimas yra netiesioginis fosilijų išsaugojimo būdas. Šiuo atveju netiesioginis reiškia, kad organinė medžiaga cheminė sudėtis nesikeičia, greičiau ji yra medžiagoje, kuri daro medžiagos įspūdį. Dažni pavyzdžiai yra paparčio lapų ir sraigių lukštų liejimas.
Sekti fosilijas
Sekti fosilijas yra dar viena netiesioginio fosilijų išsaugojimo rūšis. Iškastinių fosilijų pavyzdžiai yra pėdsakai ir takai. Dinozaurai ir kiti priešistoriniai gyvūnai judėjo per pomiškį ir palei viršutinį dirvožemį, kuris vėliau buvo padengtas kitomis šiukšlėmis. Kai kuriais atvejais jų pėdsakai buvo išsaugoti, juos galima iškasti ir iškirpti iš žemės. Kitas fosilijos pėdsakų pavyzdys yra gyvūnų mėšlas. Išsaugotas, suakmenėjęs mėšlas fosilijų ekspertams pateikia senovės maisto šaltinių ir priešistorinės virškinimo sistemos struktūros įrodymų.