Jūros ekosistema patiria didelį stresą; daugelyje sričių sąlygos, būtinos gyvybei palaikyti, yra arba gresia, arba jų nėra. Jūrų buveinių naikinimas ypač paplitęs pakrantėse, kur padaugėjo žmonių. Buveinių praradimas, užterštumas, per didelė žvejyba, žalinga žvejybos praktika ir visuotinis atšilimas visi kenkia jūrų aplinkai.
Pakrantės
Buveinių praradimas, tarša, nuotėkis ir padidėjęs druskingumas sunaikina koralų rifus, jūros žoles ir kitas paukščių bei žuvų buveines. Kai pakrančių pelkės užpildomos, kad būtų galima patenkinti augančias žmonių populiacijas, užtvenkus upes, sumažėja gėlo vandens srautas, sulėtėja maisto medžiagų nuotėkis ir slopinamas žuvų migravimas. Mažiau gėlo vandens reiškia padidėjusį druskingumą pelkėse ir žiotyse, o tai kenkia vandeniui gryninančioms žolėms tekant į jūrą. Dėl miškų naikinimo erozija į upes, upelius ir galiausiai į vandenyną nukreipia dumblą, blokuodama saulės spindulius, reikalingus koralų rifams išgyventi.
Perteklinė žvejyba
Žuvininkystės biologai apskaičiuoja maksimalų tvarų derlingumą, kad įvertintų žuvų kiekį, kurį galima surinkti iš populiacijos nerizikuojant jos ilgalaikiu gyvybingumu. 1974–1999 m. Žuvininkystės, viršijančios didžiausią tvarų menkių derlingumą, dalis išaugo trigubai - nuo 10 iki 30 proc. Pasak Vandenyno sprendimų centro, nuo 1990-ųjų pradžios bendras laimikis yra vienas iš labiausiai pasaulyje produktyvi žvejyba - Ochotsko jūra dėl to sumažėjo du su puse su puse karto peržvejoti. Ramiajame vandenyne daugiau nei pusė salų tautų tvariai nevaldo savo koralų rifų.
Jūros dugnas
Naudodamiesi praktika, vadinama dugniniu tralu, komerciniai žvejybos laivai per didelius tinklus, pritvirtintus prie sunkiųjų svorių, traukia jūros dugną. Tikslinės rūšys apima krevetes, menkes, jūrų liežuvius ir plekšnes, tačiau viskas, kas yra jūros dugne, yra užfiksuota. Dėl dugno tralavimo jūrų ekosistema gali būti visam laikui pažeista, o priegauda (netikslinės rūšys, tokios kaip jūros vėžliai, jūrų paukščiai ir žinduoliai) paprasčiausiai išmetama už borto. Dviratis gali sudaryti 90% viso sugauto kiekio, o nykstančios žuvys ir giliavandeniai koralai dažnai žūva.
Rūgštinimas
Atšilus klimatui vandenynas absorbuoja daugiau anglies dvideginio, todėl jis tampa rūgštesnis. Padidėjęs rūgštingumas slopina jūrų organizmų gebėjimą vystytis kriauklėms, ir tai apima mažus gyvūnus, vadinamus planktonu, kurie sudaro vandenyno maisto tinklo pagrindą. Kai kurie tyrinėtojai teigia, kad dėl to kai kurios jūrų rūšys išskirs mažiau sieros junginių, kurie skatina debesų susidarymą, o tai atvėsina Žemę. Klimato modeliai prognozuoja, kad per šį amžių tai sukels papildomą 0,5 laipsnio Celsijaus (0,28 laipsnių Fahrenheito) atšilimą.