Kambodžoje miškų kirtimas yra trečias pagal dydį pasaulyje, kurį skatina medienos derlius ir plyni kirtimai žemės ūkiui. Miško kirtimas naikina buveines ir sutrikdo subtilaus atogrąžų dirvožemio pusiausvyrą. Medžiams nelaikant dirvožemio ir nepapildant organinių medžiagų lapų paklotėmis, dirvožemis greitai sunyksta ir praranda daug derlingumo per pirmuosius kelerius auginimo metus.
Kambodžos pakrančių ekosistemoms, iš kurių daugelis yra mangrovių miškai, kuriuose yra svarbios žuvų neršto vietos ir apsauga nuo potvynių, kelia pavojų keli veiksniai. Pajūrio ekosistemas užgniaužia nuosėdos, nuplautos iš neseniai miškuose iškirstų vietovių. Šiuose vandenyse taip pat yra pavojingų pesticidų ir trąšų. Prastai reguliuojami krevečių ūkiai sukelia mangrovių išvalymą ir maisto medžiagų perteklių išleidimą į vandenį, dėl ko perauga dumbliai ir sutrinka ekosistema.
Kambodžai industrializuojantis, žmonės plūsta į miestus, kurie auga per greitai, kad sanitarijos infrastruktūra neatsiliktų. Daugelyje rajonų nėra kanalizacijos sistemų arba jie geriausiu atveju neveikia. Nuotekos ir pramoninės nuotekos teršia požeminius ir paviršinius vandenis daugelyje miesto teritorijų. Pavojingos kietosios atliekos dažnai atsiduria sąvartynuose, kur jos gali prasiskverbti į požeminius vandenis arba papūsti vėjo.
