გელის ელექტროფორეზის დროს დნმ-ის ან ცილების ნიმუშები გამოიყოფა - ჩვეულებრივ ზომაზე დაყრდნობით - ელექტრული ველის გამოყენებით, რაც იწვევს მათ მიგრირებას ლარის საშუალებით. გელის ელექტროფორეზის გამოყენება რუტინულია ბიოსამედიცინო კვლევის ლაბორატორიებში და გამოიყენება სხვადასხვა კითხვაზე პასუხის გასაცემად, ამიტომ შედეგების ანალიზის უნივერსალური გზა ნამდვილად არ არსებობს.
მაგალითად, სხვადასხვა ტექნიკა, როგორიცაა ვესტერნ ბლოტი, ჩრდილო ბლატი და სამხრეთ ბლატი, მოიცავს ყველაფერს გელი ელექტროფორეზი.
თუ აკეთებ აგაროზის გელი დნმ-ის ნიმუშების ელექტროფორეზი, ყველაზე გავრცელებული პროცედურა, თქვენ, როგორც წესი, დაგჭირდებათ მინიმუმ ორი რამის გაკეთება: 1) განასხვავოთ მოჭრილი პლაზმიდები ჩანართებიდან, მეტსახელად პლაზმიდებიდან და დაჭრილი პლაზმიდებიდან და, 2) შეაფასეთ სხვადასხვა დნმ-ის ფრაგმენტების ზომა სტანდარტული მრუდით Excel ან კალკულატორი.
შეამოწმეთ თქვენი ლაბორატორიის ბლოკნოტი, რომ დადგინდეს, რომელი ნიმუშები რომელი ბილიკით იყო დატვირთული. თქვენი გელის ჭაბურღილების დატვირთვისას უნდა გაითვალისწინოთ თითოეული ზოლის / ნიმუშის ვინაობა.
სახაზავის საშუალებით გაზომეთ მანძილი თქვენს სურათზე ჭებიდან ჭაობამდე, რაც იქნება უფრო მეტი იმოგზაურა, ვიდრე დნმ – ის რომელიმე ზოლი (სხვა სიტყვებით რომ ვთქვათ, ის იქნება ბოლოში) გელი). ჩაიწერე ეს რიცხვი - თქვენ მიერ გამოყენებული ერთეულები არ არის მნიშვნელოვანი.
გაზომეთ თქვენი სურათის მანძილი ჭაბურღილებიდან "კიბის" თითოეულ ზოლამდე, შემდეგ კი გაყოფა მანძილი გატარებულ მანძილზე თვალთვალის საღებავი ბენდი ეს გაანგარიშება გაძლევთ თითოეული ჯგუფის ფარდობით მობილობას.
მაგალითი: დავუშვათ, თვალყურისდევნების საღებავის ჯგუფმა გაიარა 6 ინჩი და ჩვენ გვაქვს სამი ზოლი, რომლებმაც გაიარეს 5, 4,5 და 3,5 ინჩი.
რა არის მათი ფარდობითი მობილობა? პასუხი: ჩვენ ვყოფთ 5-ს, 4.5-ს და 3.5-ს 6-ზე, რომ მივიღოთ ფარდობითი მობილობა 0.833, 0.75 და 0.5833.
მწარმოებელი გაძლევთ თითოეული ფრაგმენტის ზომას, მათ მიერ მოწოდებულ კიბეებში, ასე რომ თქვენ უკვე უნდა გქონდეთ ეს ინფორმაცია.
გამოიყენეთ Trendline ფუნქცია თქვენს ცხრილების პროგრამაში, რათა მონაცემთა განტოლება მოათავსოთ. ეს განტოლება უნდა იყოს დენის განტოლება (მაგ. X ^ -2) და შედარებით კარგად უნდა შეესაბამებოდეს მონაცემებს (R კოეფიციენტი მინიმუმ 0,9). ეს ქმნის მრუდს და სტანდარტულ მრუდეს ექსელი.
გახსოვდეთ, რომ უფრო მცირე ზომის დნმ-ის ფრაგმენტები უფრო შორს გადადის გელში, ვიდრე დიდი დნმ-ის ფრაგმენტები, ამიტომ თვალყურისდევ საღებავთან ყველაზე ახლოს მყოფი ყველაზე პატარა იქნება. ამასთან, გაითვალისწინეთ, რომ თუ პლაზმიდი (წრიული) დნმ არ არის მოჭრილი, ის გახდება "სუპერკლაკიანი" ან დატრიალდება როგორც სატელეფონო კაბელი, რაც რეალურად გამოიწვევს მის გამგზავრებას უფრო შორს ვიდრე იმავე ზომის ხაზოვანი დნმ.
ანალოგიურად, "მეტსახელად" პლაზმიდი, რომელიც არასრულად იქნა მოჭრილი, იმოგზაურებს ა მოკლე მანძილი, ვიდრე იმავე ზომის წრფივი დნმ. შესაბამისად, თქვენ ვერ შეაფასებთ მოჭრილი პლაზმიდების ზომას თქვენი გელიდან.
თითოეულ ზოლში შეუსაბამეთ ზოლები ამ ზოლში თქვენ მიერ ჩატვირთული ნიმუშის იდენტურობას და განსაზღვრეთ, რას ხედავთ, რასაც ხედავთ. ეს დამოკიდებული იქნება თქვენი ექსპერიმენტის ხასიათზე.
ზოგადად, თუ ჩასასვენებელი პლაზმიდი ორი შეზღუდვის ფერმენტით დაიჯესტი, სავარაუდოდ, პლასტიდი გათავისუფლდება.
ვინაიდან ის პლაზმიდთან შედარებით ბევრად მცირეა, თქვენ მოელით ამ ზოლში ორი ზოლის ნახვას, ერთი ზედა ნაწილთან და მეორე ქვედა ფსკერთან. პლაზმიდის დაჭრილი მხოლოდ ერთი შეზღუდვის ფერმენტით უნდა ჩამოყალიბდეს მხოლოდ ერთი ზოლი, რომელიც ოდნავ შორს მიემგზავრება, ვიდრე პლაზმიდის გაჭრა ორი შეზღუდვის ფერმენტები, მაგრამ ჩასმასთან ახლოს არსად არის.
გაზომეთ ჭაბურღილიდან დაშორებული პლაზმიდის მანძილი და ჩასვით ზოლები თქვენს მმართველთან. დაყავით ეს რიცხვები საჩვენებელი საღებავით გავლილ მანძილზე, რომ იპოვოთ ჩანართების და დაჭრილი პლაზმიდების შედარებითი მობილობა.