ქიმიკატები, რომლებიც გამოიყენება დნმ-ის ანალიზში

დნმ-ის ანალიზი მოიცავს სხვადასხვა სახის მოლეკულურ ექსპერიმენტებს და ბიოლოგიურ პროცედურებს. დნმ მყიფე და რთული ნედლეულია, ამიტომ მისი დამუშავება და გაანალიზება მოითხოვს ქიმიკატების საუკეთესო ხარისხს და ყველაზე სუფთა მომზადებას. ანალიზის მიხედვით, დნმ-ის შესწავლაში ასობით ქიმიური ნივთიერებაა, მჟავე და ძირითადი ხსნარებიდან დამთავრებული ბუფერებამდე და საღებავებამდე. იმის გაგება, თუ რატომ არის გამოყენებული ზოგიერთი ქიმიური ნივთიერება, არის მნიშვნელოვანი წარმატებული ექსპერიმენტების ჩატარების და ზუსტი, საიმედო და განმეორებადი შედეგების მისაღებად.

სამეცნიერო სამუშაოსთვის გაწმენდილია დნმ-ის სამი ტიპი: დნმ გენომისგან (გენომიური დნმ), უჯრედის მთელი დნმ (მთლიანი დნმ) ან პლაზმიდებიდან, რომელსაც თვითმრავლდება. უჯრედის მთლიანი დნმ-ის გამწმენდი საშუალებები იყენებს ქიმიკატებს, რომელთა საშუალებითაც ხდება უჯრედის მრავალი გარსის განადგურება უჯრედის ლიზისის დროს. ქიმიური ეთილენამინტეტრაცეტატი (EDTA) ხშირად გამოიყენება მაგნიუმის იონების ასაღებად, რომლებიც საჭიროა უჯრედის კედლების სიმტკიცე, რის შედეგადაც ისინი შესუსტდებიან, დაშლის ან ცრემლამდე, გამოყოფენ უჯრედის შინაარსს და დნმ-ს ანალიზი გარდა ამისა, EDTA იცავს და ინარჩუნებს დნმ-ს მთლიანობას უჯრედში ჩვეულებრივ არსებული ფერმენტების ინჰიბირებით, რომლებსაც შეუძლიათ დნმ-ის ფრაგმენტაცია და გახადონ გამოუსადეგარი.

პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (PCR) არის დახვეწილი ანალიზის მეთოდი, რომელიც გამოიყენება დნმ-ის მოლეკულის რამდენიმე ათასი ასლის გასამრავლებლად, თუმცა, იგი სავსეა ტექნიკური პრობლემებით და უზუსტობებით. ბევრი მეცნიერი, ჩვეულებრივ, ასრულებს PCR- ის რამდენიმე სხვადასხვა კომპლექტს, რათა იპოვონ ყველაზე საინტერესო მდგომარეობა და კონკრეტული ინტერესის გენი. ერთი ასეთი ქიმიური ნივთიერება, რომელიც გამოიყენება ასეთი ოპტიმიზაციისთვის, არის მაგნიუმი, რომელიც სტაბილიზაციას უწევს PCR– ში გამოყენებულ დნმ – პოლიმერაზას ფერმენტს და მოქმედებს, როგორც აუცილებელი კო – ფაქტორი ფერმენტის აქტივობისთვის. PCR– ებისთვის მაგნიუმი გამოიყენება მაგნიუმის ქლორიდის ბუფერულის სახით.

ეთიდიუმის ბრომიდი არის საღებავი, რომელიც დნმ – ს უკავშირდება ნუკლეოტიდებს შორის, რომლებიც ქმნიან დნმ – ის ორმაგ სპირალს, პროცესში, რომელიც ინტერკალაციის სახელით არის ცნობილი. ამის შემდეგ ეს საღებავი შეიძლება განათდეს ულტრაიისფერი ნათურით, ისე რომ მოხდეს დნმ-ის ვიზუალიზაცია, რომელზეც ეთიდიუმის ბრომიდია შეკრული. ამასთან, ეთიდიუმის ბრომიდის სწორად დანახვისთვის საჭიროა მინიმუმ 1 ნანოგრამი დნმ, ამიტომ ეს არის PCR- ამპლიფიცირებული დნმ-ის გამოვლენის ერთ-ერთი გზა. მიუხედავად იმისა, რომ იაფია და ფართოდ არის გამოყენებული, ის ასევე მუტაგენური ქიმიური ნივთიერებაა, რომელიც ცნობილია კიბოს გამომწვევად, ამიტომ მისი გამოყენება ლაბორატორიებში ძალზე დარეგულირებულია და ბევრი მეცნიერი ნაკლებად ტოქსიკური ალტერნატივების გამოყენებას აპირებს.