主要な種類の細菌は、伝統的に、物理的特徴またはさまざまな種類の染色に対する反応によって分類されていました。 分子遺伝学の出現により、細菌のさまざまなグループをより注意深く分割できるようになりました。 多くの科学者は、細菌の古い分類は2つ以上の王国に分割されるべきであると信じています。
生物の最高の分類は王国です。 細菌はかつて原生生物として知られる1つの王国に分類されていましたが、多くの科学者は、分子遺伝学的証拠に基づいて、古い王国を2つの王国に分割する必要があると主張しています。 新しい王国は真のバクテリアである真正細菌と古代のバクテリアである古細菌であり、今日では極限環境で生き残っています。 古細菌は 非常に明確で、それらは独自の3つの王国に分割することができます：Crenarchaeota、好熱性 バクテリア; ユーリ古細菌、好塩性およびメタン生成細菌; 温泉で見つかったコル古細菌。
古細菌以外の細菌の場合、5つの異なる門があり、次は系統樹の上の枝です。 プロテオバクテリアは植物と共生しており、植物が大気から窒素を固定するのを助けます。 シアノバクテリアは青緑色のバクテリアとして知られています。 真正細菌は伝統的に分類されたグラム陽性菌であり、他の細菌とは異なる層を持つ細胞壁を持っています。 スピロヘータはらせん状のコロニーで成長します。 クラミジアは細胞内寄生虫です。
細菌は、病原性（病気の原因となる）または非病原性として説明することができます。 それらは、グラム陽性菌またはグラム陰性菌として説明することもできます。 これは、グラム染色によって染料を吸収するかどうかを示します。 グラム陽性菌は細胞外膜を欠いており、ペプチドグリカンはクリスタルバイオレットで染色することができます。 グラム陰性菌は細胞膜の外側にありますが、ペプチドグリカンが不足しているため、染色されません。