ウエスタンブロッティングは、生化学実験室で最も一般的な手順の1つです。 基本的には、サンプルからタンパク質をサイズで分離し、抗体を使用してテストして、特定のタンパク質が存在するかどうかを判断します。 研究だけでなく、医療や診断ラボでも役立ちます。 たとえば、HIVとライム病の両方の検査には、酵素免疫測定法（ELISA）検査が含まれ、ELISA検査が陽性の場合はウエスタンブロットが続きます。 しかし、その人気にもかかわらず、ウエスタンブロッティングにはいくつかの欠点があります。
非定量的
古典的なウエスタンブロットは非定量的です。 言い換えれば、特定のタンパク質が存在するかどうかを研究者に伝えることはできますが、タンパク質がどれだけ存在するかを定量化することはできません。 現在、一部のバイオテクノロジー企業は、研究者またはラボ技術者が量を定量化できるキットを販売しています。 標準曲線を使用して存在するタンパク質-しかし、これは同じタンパク質の純粋なサンプルが 利用可能です。 さらに、タンパク質の分子量は、質量分析のように正確に決定するのではなく、ウエスタンブロッティングでのみ推定できます。
抗体
ウエスタンブロットは、目的のタンパク質に対する一次抗体が利用できる場合にのみ実行できます。 多くの異なるタンパク質に対する抗体はバイオテクノロジー企業から入手できますが、安価ではありません。 特定のタンパク質に対して一次抗体が利用できない場合、その特定のタンパク質を探すウエスタンブロットを実行することはできません。 さらに、研究者は、タンパク質が何らかの方法で修飾されているかどうかを判断したい場合があります-それがリン酸化されているかどうか（ それに結合したリン酸基）、例えば-そしてウエスタンブロット技術では、それらは修飾されたものに特異的な抗体を必要とします タンパク質。
トレーニング
ウエスタンブロットを適切に実行して良好な結果を得るのは難しい場合があるため、スタッフは十分な訓練を受けている必要があります。 これでは、他の多くの場合と同様に、経験がおそらく最高の家庭教師です。 ただし、経験豊富な技術者であっても、ウエスタンブロットには時間がかかります。 たとえば、実験のゲル電気泳動部分は、通常、実行に1〜2時間かかります。 もちろん、ゲルの実行中に他のタスクを実行することもできますが、結果を得るにはまだかなりの時間がかかります。
その他の制限
抗体は時々オフターゲット結合を示すことがあり、それはより悪い結果をもたらす可能性があります。 さらに、ウエスタンブロッティングでは、特定のタンパク質に対する抗体を使用するため、結果にはそのタンパク質が存在するかどうかのみが示されます。 対照的に、高分解能質量分析は、サンプルに存在するすべてのタンパク質を明らかにし、古典的なウエスタンブロッティングとは異なり、定量的です。 もちろん、質量分析はウエスタンブロッティングと比較してはるかに高価であり、使用するのが技術的に難しいことを覚えておくことが重要です。