国連大学によると、世界の菌類のわずか5パーセントが海に住んでいます。 他の環境と比較すると、海の状態は比較的安定していますが、酵母以外の真菌が水に自由に浮かんでいることはほとんどありません。 ほとんどの海洋真菌は、動植物、または死んで腐敗している物質に生息しています。 海洋真菌の既知の種は、いくつかの方法でグループ化することができます。
望ましい生息地
一部の海洋真菌は、海または河口でのみ成長し、胞子を生成します。 これらの義務的な海洋真菌は、陸上や淡水では生き残れません。 さらに、彼らは通常、ライフサイクルの全部または一部を水に沈めて過ごします。 海に生息する他の菌類は、実際には淡水または陸域の環境からのものです。 これらの通性海洋真菌は海で成長することができますが、そこで胞子を生成しない場合があります。
胞子の生産
海洋真菌は、それらが繁殖する方法によってグループ化することができます。 担子菌は、担子器と呼ばれる特別な細胞で胞子を生成します。 一方、子嚢菌は、子嚢と呼ばれる内部嚢で胞子を生成します。 他の2つのタイプとは異なり、不完全菌は無性生殖を行います。つまり、親と同じ子孫を生み出します。 これらの真菌は不完全糸状菌と不完全糸状菌で構成されています。
食料源
ほとんどの海洋真菌はプランクトンのように海に自由に浮遊しないため、他の生物を食料源として使用します。 寄生性の海洋真菌は、動物、貝殻、藻類などの生物を食べます。 腐生菌（腐生菌としても知られています）は、動物、貝殻、藻類、植物、木材などの腐敗物質から栄養を摂取します。 さらに、地衣類と呼ばれる特別なクラスの真菌があります。これは、太陽光をエネルギーに変換する藻類の細胞を内部に持つ真菌で構成されています。
疾患
陸上と同様に、海に生息する真菌の中には、そこに生息する動物に病気を引き起こすものがあります。 これらの真菌性疾患は、魚、軟体動物、甲殻類、サンゴに影響を及ぼします。これには、人々が食物として使用する動物の集団も含まれます。 海の菌類が植物に害を及ぼすことはめったにありませんが、湿地の草やマングローブの植生に菌類が感染するケースが報告されています。 真菌は一般的に海藻、珪藻、シアノバクテリアに感染します。