砂漠にはさまざまな菌類が含まれています。 砂漠の真菌タイプのいくつかのコロニーは、開発プロセスを延長することによって何百万年も生きることができます。 他の生物は、生存を確保するために他の生物と共生関係を築きます。 砂漠の菌類は、邪魔されるまで砂漠の土壌に休眠状態にあり、その後、深刻な病気を引き起こす有毒な胞子で攻撃する可能性があります。 砂漠の菌類のいくつかのタイプは、明るい色のまだらで砂漠の帆布を描くことができます。
地衣類
「パイオニア植物」として知られる地衣類は、荒れた、暑い、寒い環境や干ばつに耐えることができる小さな生物です。 地衣類の体、または葉状体は、共生関係で一緒に成長する藻類と真菌で構成されています。 藻類の細胞は真菌に栄養素を提供し、真菌は藻類を大気条件から保護します。
地衣類は、砂、岩、土壌、動物の骨、さびた金属などの異常な表面で成長する可能性があります。 地衣類は、赤、オレンジ、黄色、緑、茶色の色合いなど、さまざまな色で成長します。 1つの岩で12種以上の真菌が成長する可能性があります。
約15,000種の地衣類が知られています。 痂状地衣類（痂状菌）などの特定の地衣類は、成長速度が遅いため、数百年または数千年生きることができます。 痂状地衣類は岩の上に発達する可能性があります。 汚染された空気や雨水が藻類の細胞を破壊し、真菌のパートナーを殺す可能性があるため、特定の地衣類は絶滅の危機に瀕しています。
菌根
菌根は、植物の根と共生関係を築く真菌植物系です。 根は、菌類が糸を付着させるために必要な栄養素と場所を提供します。 菌類は病原菌などの攻撃から植物を保護し、それらの糸は植物が追加の水と栄養素を受け取るのを助ける根系として機能します。 関係が発展すると、植物はその栄養素が中止されたときに菌根に依存することができます。
菌根は、外生菌根と内生菌根の2つのタイプに分けられます。 外生菌根は、植物の根の周りを覆います。 覆いは菌糸（菌の体の糸のような構成要素）を根に、そして土壌に成長させます。 Endomycorrhizaeの糸は細胞に成長し、次に土壌に成長します。 真菌は、宿主植物の耐乾性、耐病性、および養分吸収を改善します。
きのこ
Podaxis、または砂漠の毛むくじゃらのたてがみは、ソノラ砂漠や世界中の他の砂漠で見られます。 Podaxisは、ハラタケ科の菌類に関連しています。 真菌はパフボールに似ています。 それは木質で繊維状です。 Podaxisの子実体は、雨季の後、砂漠の土壌、砂質の土壌、道端から湧き出ます。 しかし、雨が降らなければ子実体は出てきません。 ピレウス帽（キャップ）は、肥沃な組織、鰓、二重壁の胞子が乾燥するのを防ぐために、開発プロセス中は閉じたままです。
コクシジオイデス
コクシジオイデス属は、コクシジオイデス・イミティスとコクシジオイデス・ポサダシイの2つの種からなる土壌真菌です。 どちらの種も北アメリカと南アメリカの砂漠の土壌に見られます。 それぞれの種は、土壌に菌糸と胞子を作ります。 胞子を含む土壌が人間や砂嵐などの自然の攻撃によって乱されると、胞子は空中に浮遊します。 胞子の吸入は、コクシジオイデス症または谷熱と呼ばれる非伝染性の真菌感染症を引き起こす可能性があります。 まれに、いずれかの種の無数の胞子が吸入されると、致命的となる可能性があります。