מיקרוסקופים שימשו בתחומים רבים ושונים כדי לצפות בדגימות זעירות. ישנם סוגים שונים של מיקרוסקופים, כל אחד עם שיטות משלו לצפייה בהיבטים שונים של מדגם נתון. ברוב המיקרוסקופים יש סט עדשות אובייקטיביות ועדשת עינית המאפשרת לראות תמונה מוגדלת. ניתן להוסיף מצלמה לרבים מהמיקרוסקופים כדי לצלם תמונות לניתוח בהמשך. במיקרוסקופי הוראה יש בדרך כלל שתי קבוצות של עיניות, כך שאדם אחר יכול לראות את אותה תמונה כמו האדם שמפעיל את המכשיר.
מתחם
המיקרוסקופ הזול והנפוץ ביותר המשמש במעבדות הוא המיקרוסקופ המורכב. מיקרוסקופים אלה משתמשים בעדשות בעלות עוצמות שונות להגדלת האובייקטים. במיקרוסקופים מורכבים יש בדרך כלל עינית, סט מראות והעדשה האובייקטיבית שעובדים יחד. תמונות נראות בשני ממדים. בעזרת קובץ מצורף למצלמת מיקרוסקופ, הצופה יכול לשמור תמונות לניתוח במועד מאוחר יותר.
מיקרוסקופ אלקטרונים סורק
מיקרוסקופ האלקטרונים הסורק מסוגל לצפות באובייקטים עם תמונה תלת-ממדית. תמונות בעלות הגדלה גבוהה ורזולוציה גבוהה, אך הן מופיעות בשחור-לבן. כדי ליצור את התמונות המפורטות, הדגימה מצופה בחלקיקי זהב. אלקטרונים קופצים מציפוי הזהב כדי לייצר את התמונה. סוג זה של מיקרוסקופ שימושי בצפייה באובייקטים זעירים מאוד בפירוט דק ותמונות נשמרות לצפייה בהמשך. אובייקטים נפוצים הנצפים הם תמונות מפורטות של חיידקים, נגיפים וכמה רכיבים תאיים.
מיקרוסקופ אלקטרונים הילוכים
סוג זה של מיקרוסקופ משתמש באלקטרונים כדי לעבור דרך דגימה. תמונות דו מימד מיוצרות על ידי יצירת פרוסות דקות ברזולוציה גבוהה ובהגדלה גבוהה. מיקרוסקופי אלקטרונים לשידור שימושיים בהשגת תמונות דרך עובי הדגימה, ולא רק על פני השטח. מכיוון שהם יקרים, סביר יותר כי מיקרוסקופים אלה יימצאו במתקני מחקר מרכזיים ובאוניברסיטאות.
סטריאוסקופ
בעזרת סטריאוסקופים ניתן לראות אובייקטים בתלת מימד. ההגדלה אינה חזקה כמו בסוגים אחרים של מיקרוסקופים, אך היא מאפשרת לראות פרטים שלא נראו אחרת בעין בלתי מזוינת. הם נקראים גם מיקרוסקופים "דיסקציה" מכיוון שהם משמשים בדרך כלל לניתוח של דגימות קטנות.
מיקרוסקופ פלואורסצנטי
ניתן להשתמש במיקרוסקופים כדי להציג היבטים שונים של מדגם על ידי שינוי אופן יצירת התמונה. מיקרוסקופ פלואורסצנטי משתמש בצבעים ספציפיים של אור כדי לקיים אינטראקציה עם צבעים. כאשר הצבעים מוארים, ניתן לבודד מבנים מסוימים ולראות אותם עם הצבעים שלהם. סוג זה של מיקרוסקופ שימושי לתצפית על חלבונים ספציפיים בתא. מצלמה מחוברת בדרך כלל לצילום תמונות מהמיקרוסקופ.