גשם חומצי לא הפך לבעיה סביבתית עד שריפת כמויות גדולות של דלקים מאובנים בעידן התעשייתי. כמה גשמים חומציים מתרחשים באופן טבעי, אך פליטת דו תחמוצת הגופרית ותחמוצת החנקן ממחסני עשן משתלבים עם גשם ויוצרים חומצה גופרתית וחנקתית בכמויות הפוגעות בסביבה. האזור של ארצות הברית שנפגע הכי הרבה מגשם חומצי הוא החוף המזרחי, כולל הרי האפלצ'ים וצפון מזרח.
במחקר על האגמים והנחלים של האומה המראים תנאים חומציים, המים השטחיים הלאומיים בסקר נמצא כי גשם חומצי גרם לחומציות ב -75% מהאגמים וכ -50% מהגידולים זרמים. החומציות הגדולה ביותר התרחשה לאורך החוף האטלנטי, שם מלכתחילה במים יש חומציות גבוהה יותר באופן טבעי. השיעור הגבוה ביותר של חומציות הנחל, מעל 90 אחוזים, מתרחש באזור האורן של ניו ג'רזי. בריכת ההד הקטנה בפרנקלין, ניו יורק, הייתה על פי המחקר אחד התנאים החומציים ביותר, עם pH של 4.2.
גשם חומצי משפיל את הקרקעות על ידי שטיפת כימיקלים כמו סידן ומגנזיום, החוצצים חומציות ומספקים חומרים מזינים חיוניים לצמחים. חומציות גם משחררת אלומיניום מומס שעלול להיות רעיל למים. יערות האפלצ'ים ממיין לג'ורג'יה מושפעים במיוחד. עצים בדרך כלל לא מתים על הסף אלא הם מוחלשים ורגישים יותר לפתוגנים, חרקים, בצורת או קור עז. מדענים מצפים שתוכנית הגשם החומצי של הסוכנות להגנת הסביבה האמריקאית, המפחיתה את פליטת הגופרית הדו-חמצנית, תפחית משמעותית את החמצה לאורך החוף המזרחי.