הפקת DNA בשיטת סלילה

חומצה Deoxyribonucleic וחלבונים. ה- DNA מאורגן ליחידות הנקראות גנים, שכל אחת מהן מקודדת לרצף RNA או חלבון מסוים. גנים נחקרים כדי ללמוד על מבנה ותפקוד ביולוגיים, התפתחות, מחלות והיבטים רבים אחרים של מערכות החיים. כדי לחקור גנים בפירוט, יש לבודד את ה- DNA ולטהר אותו מתאי עניין.

למרות שניתן לחלץ וללמוד DNA מתא בודד, זה לא מספיק לראות בעין בלתי מזוינת. כדי לקבל כמות מספקת לסלול, ככל שתצטרך לעבוד יותר תאים כך ייטב (מיליונים רבים).

פרוטוקולים מדויקים משתנים במידה ניכרת כדי להסביר את המאפיינים הייחודיים של דגימות ספציפיות, אך הצעדים הכלליים הם הומוגניזציה, תמוגה, עיכול, הפרדה ואיסוף. ההליך מתבצע בצורה הטובה ביותר בצינור קטן (תלוי בגודל המדגם) או צינור פלסטיק.

בדרך כלל משלבים מדגם או טחון כדי להפריד ביסודיות את התאים זה מזה. זה הופך את מרכיבי התאים לנגישים יותר לריאגנטים הבאים. לאחר מכן מוסיפים חומר הניקוי או האנזימים להומוגנאט כדי להבהיר את קרומי התאים (ואת הממברנות הגרעיניות אם התאים הם אאוקריוטים) כדי לשחרר את ה- DNA. בשלב זה, ה- DNA מוקף בחלבונים, ליפידים, קרבו-הידרטות בכל דבר אחר שהיה כלול בתאים.

ייתכן שיהיה צורך בעיכול אנזימטי נוסף לפירוק חלבונים כך שהם לא נקשרים ל- DNA ומפריעים לאיסוף שלו. ה- DNA מופרד משאר תכולת התא על ידי הוספת אלכוהול קר, טהור, אתיל או איזופרופיל. דנ"א אינו מסיס באלכוהולים אלה ולכן הוא יתעבה לנסות למזער את מגעו עם האלכוהול. הדנ"א המעובה נאסף ואז בדרך כלל על ידי צנטריפוגה או סלילה.

איסוף DNA באמצעות סלילה יעיל כאשר מתקבלת כמות גדולה של DNA מהליך מיצוי. זוהי גם שיטת הדגמה מצוינת מכיוון שסבך מרשים של DNA טהור נראה בבירור.

כדי לסלק את ה- DNA יש לבצע את שלב ההפרדה בזהירות. אם זה לא היה חלק מתערובת ריאגנטים של תמוגה שנוספה בעבר, יש להוסיף לתמיסה פתרון מלח מרוכז (נתרן כלורי) לפני שלב הוספת אלכוהול. האלכוהול הקר נשפך לאט בצד המבחנה ליצירת שכבה על גבי התמיסה המימית, תוך הימנעות מערבוב. אם נעשה כהלכה, האלכוהול יהווה שכבה משלו על גבי השכבה המלוחה. ואז מגיע הסליל.

כדי לאסוף את ה- DNA מהשכבה המלוחה, הניחו בזהירות מוט ערבוב זכוכית למרות שכבת האלכוהול עד שהיא נוגעת בתחתית הצינור. סובבו לאט את המוט בין האצבעות תוך כדי צפייה בממשק בין שתי השכבות. אם קיים מספיק DNA, הוא יתגבש בממשק בין השכבות ליצירת מסה שקופה חלבית. סובב את המוט בכדי לעטוף את ה- DNA סביבו (כלומר החלק סליל) ושלף אותו מהצינור. ניתן להעביר את ה- DNA לצינור אחר של אלכוהול טהור לצורך אחסון או ניתוח נוסף.