ביולוגים מתארים לעיתים קרובות קשרים בין מינים בצורת עץ מסתעף, כאשר כל אחד מהם צומת בעץ מציין נקודת זמן בה הופיע זן חדש בתהליך אבולוציה. להבין כיצד מינים קשורים זה לזה ומי התפתח ממי יכולה להיות משימה מורכבת. אחד העקרונות החשובים ביותר שביולוגים משתמשים בהם בעת ציור עצים פילוגנטיים כביכול הוא עקרון הפרסומי.
עקרון השיתוף טוען כי הסברים הפשוטים מבין המתחרים הם הנכונים ביותר. התיאוריה, שפותחה על ידי הלוגיקן מהמאה ה -14 ויליאם מאוקאם, מכונה גם תער של אוקם.
ביולוגים משתמשים בעקרון הפרזימנט בעת ציור עצים פילוגנטיים. כדי לצייר עץ פילוגנטי תחילה עליך לקבוע אילו מינים בקבוצה קשורים זה לזה ביותר. ביולוגים משווים בדרך כלל את ה- DNA או את המאפיינים הפיזיים של מינים בקבוצה ומחפשים הבדלים. עקרון הפרושיות המיושם בביולוגיה אומר שהעץ הפילוגנטי הדורש הכי מעט שינויים אבולוציוניים הוא זה שאתה צריך להניח שהוא נכון.
הדוגמה הפשוטה ביותר כוללת מאפיין פיזי כמו נוצות. נניח שאתה משווה שלושה מינים הנקראים A, B ו- C; ל- A ו- B נוצות ול- C אין. בהתבסס על עיקרון הפרשת, היית מסיק ששני המינים עם נוצות קשורים זה לזה יותר (כלומר, לשתף אב קדמון משותף עדכני יותר), מכיוון שבמקרה זה תכונת הנוצות רק הייתה צריכה להתפתח פַּעַם. החלופה מרמזת כי קדמון משותף הוליד את A ומין אחר שהפך כעת לאב הקדמון המשותף של C ו- B. במקרה כזה, תכונת הנוצות הייתה צריכה להתפתח פעמיים; עקרון הפרושיות יטען שזו אינה ההיסטוריה הנכונה.
כדי ליצור את העצים הפילוגנטיים החסונים ביותר, ביולוגים בדרך כלל לוקחים בחשבון מאפיינים מרובים ורצפי DNA ממספר גנים. אם רק כמה מינים מעורבים אתה יכול לעשות ניתוח זה בעין; אך ככל שמספר המינים גדל, כך גדל גם מספר העצים האבולוציוניים האפשריים שיכולים לחבר את כולם. קביעת העץ הנכון על סמך פרושיות יכולה להפוך במהרה לבעיה מאוד מסובכת. כיום ביולוגים משתמשים לעיתים קרובות באלגוריתמים ממוחשבים שממיינים במהירות מספר רב של עצים אפשריים ומקצים לכל אחד מהם ציון על סמך כמה שינויים אבולוציוניים שהוא ידרוש.
עקרון השיתוף הוא הנחה שהיא כנראה נכונה לרוב המצבים, אך לא תמיד צריכה להיות נכונה. יתכן שההיסטוריה האבולוציונית בפועל של קבוצת מינים היא לא זו שהייתה כרוכה בשינויים המעטים ביותר - מכיוון שהאבולוציה אינה תמיד מובהקת. גישה נוספת לקביעת קשרים היא מה שמכונה ניתוח סבירות מקסימלית, המשתמשת בניתוח סטטיסטי כדי לקבוע איזה עץ אבולוציוני הוא הסביר ביותר או האפשרי. גם לנזילות וגם לסבירות מרבית יש תומכים ומבקרים משלהם.