במובנים רבים, פרוטוזואה ואצות דומים. במונחים ביולוגיים, הם שייכים לאותה ממלכה. שניהם מורכבים מתאים אאוקריוטים, מה שאומר שיש להם גרעין קשור קרום ועוד כמה מבנים תאיים בסיסיים. עם זאת, שיטת השגת האנרגיה שלהם, כפי שכל האורגניזמים חייבים, שונה מאוד והיא ההבדל המהותי בין שני סוגים אלה של אורגניזמים.
טקסונומיה
טקסונומיה היא הסיווג של אורגניזמים על פי הדמיון הפיזי שלהם. המערכת הטקסונומית לינאית היא המערכת הנוכחית בה משתמשים מדענים לסיווג כל האורגניזמים החיים. במערכת זו מכניסים אורגניזמים לשבע חטיבות עיקריות: ממלכה, פילום, מעמד, סדר, משפחה, סוג ומין, עם המעמד "ממלכה" הוא הקטגוריה הרחבה ביותר והמעמד "מינים" הוא הצר ביותר, ומתייחס לסוג יחיד של אורגניזם. למשל, הממלכה הנקראת "בעלי חיים" כוללת את כל בעלי החיים, אך המין "הומו ספיינס" מתייחס רק ליצור אחד, בני אדם.
אַצוֹת
המילה "אצות" מתייחסת למגוון רחב של אורגניזמים המגיעים מפילות רבות ושונות במערכת הטקסונומית, אך כולם שייכים לממלכה "פרוטיסטה". כל האצות מכילות כלורופיל ויכולות ליצור אנרגיה משלהן, כמו צמחים, ונחשבות דמוי צמח. חלקן חד-תאיות ואחרות רב-תאיות, כאשר האצות הן סוג ידוע של אצות רב-תאיות.
פרוטוזואנים
פרוטוזואה משתייך גם לממלכה "פרוטיסטה". אורגניזמים אלה הם תאיים ומסווגים לפי שיטת התנועה שלהם. הם יכולים לשחות באמצעות פלאגלה, שהם קווצות שוט, סיליה או פסאודודים, שהם הרחבות של התא שמושכות אותו, או שהם בכלל לא זזים. אמבות הן סוג של פרוטוזואה שמאוד מוכר. חלק מהפרוטואוזים אחראים למחלות אנושיות, כמו מלריה.
הבדלים
אצות ופרוטואוזים שייכים לאותה ממלכה, פרוטיסטה, שהיא הממלכה המשמשת אורגניזמים רבים שאינם משתלבים בצורה מסודרת לקטגוריה אחרת. פרוטסטים כוללים אצות, פרוטוזואה ותבניות רפש. ההבדל העיקרי בין אצות לפרוטוזואה הוא בכך שאצות מסוגלות להכין מזון בעצמן, כפי שעושים צמחים, ואילו פרוטוזואים בולעים אורגניזמים אחרים או מולקולות אורגניות, כפי שעושים בעלי חיים. במונחים מדעיים, אצות הן "אוטוטרופים" ופרוטוזואים הם "הטרוטרופים". המילה "פרוטוזואה" מתייחסת למעשה להבדל מהותי זה, כאשר "פרו" פירושו ראשון ו"זואה "שמשמעותו חיה.