על פי אתר BioWeb של אוניברסיטת ויסקונסין, פריימר PCR הוא אוליגנוקלאוטיד קצר וסינתטי (בדרך כלל בין 18 באורך של 25 בסיסים) המשמשים להגברת אזורים ספציפיים של DNA בטכניקת ביולוגיה מולקולרית המכונה תגובת שרשרת פולימראז (PCR). יש צורך בפריימר קדימה וגם הפוך, שנועד להיות משלים הפוך של גדיל ה- DNA, לאגף ולהיקשר לאזור ה- DNA הרצוי. כאשר מדענים רוצים לבצע מחקר על גן או אזור ספציפי של DNA, עליהם קודם לבצע PCR כדי לרכוש מספיק את אזור היעד לעבוד איתו. תכנון רצפי פריימר לאזור המעניין עשוי להיות נחוץ אם הם אינם זמינים כבר באמצעות מחקרים שפורסמו בעבר או באמצעים מסחריים.
השג את רצף הנוקלאוטידים של הגן או אזור ה- DNA המעניין והחליט כמה זמן שבר אתה מעוניין להגביר. פריימר קדימה ואחורה נועד להיקשר בתחילת ובקצה השבר הרצוי. בדרך כלל, בשיטות PCR קונבנציונליות משתמשים בפריימרים המאגפים אזור שאורכו 100 עד 1,000 זוגות בסיס, בעוד ששיטות PCR בזמן אמת משתמשות בשברים באורך של 50 עד 200 זוגות בסיס.
החליטו איפה ברצף אתם רוצים שהפריימרים ישקרו. לדוגמה, ייתכן שתרצה את המיקום ליד הקצה 5 'או 3' של הרצף או באמצע. אם תרצה, ציין את מיקום הפריימרים על מנת להקיף אינטרון.
תחל עיצובי יהיה באורך 18 עד 24 בסיסים. וינסנט ר. Prezioso, Ph. D., מ- Brinkmann Instruments Inc., מציע כי אורך זה ארוך מספיק כדי להיות ספציפי במיוחד לאזור ה- DNA הרצוי, אך קצר מספיק כדי להיקשר (לחסל) בקלות. טמפרטורת ההיתוך של פריימר (Tm) צריכה להיות בין 55 עד 80 מעלות צלזיוס, נמוכה מספיק כדי לאפשר התכה מוחלטת מעל 90 מעלות צלזיוס או מעלה, אך גבוהה מספיק כדי לאפשר חישול. תוכן ה- GC (אחוז G ו- C ברצף) צריך להיות בין 40 ל -60 אחוז. קצה 3 'של רצף הפריימר צריך להסתיים ב- C או ב- G (המכונה מהדק GC) כדי לקדם את הכריכה, שכן ה- G ו- C לנוקליאוטידים יש קשרים חזקים יותר, עם זאת, הימנעו משלושה Gs או Cs או יותר בחמשת הבסיסים האחרונים של הרצף.
הימנע מריצות של ארבע או יותר של בסיס אחד (כמו ACCCC ...) או ארבע או יותר חזרות די-נוקלאוטידים (כמו ATATATAT ...) מכיוון שהן עלולות לגרום להדפסה שגויה. תחל עיצובי ללא הומולוגיה תוך-פריימרית (יותר משלושה בסיסים המשלימים בתוך האחד פריימר עצמו) או הומולוגיה בין פריימר (כאשר פריימר קדימה ואחורית משלים רצפים). זה יכול לגרום לדימרים עצמיים או פריימר-דימרים, כאשר הפריימרים נקשרים לעצמם במקום להיקשר לרצף ה- DNA הרצוי.
השתמש במשאבים ובאתרים מקוונים המסייעים בתכנון פריימר או עוזרים בבדיקת רצפי פריימר לאיתור השלמה עצמית או פוטנציאל ליצור מבנים משניים כמו סיכות שיער. חלק מאתרי העיצוב של פריימר כוללים את ה- Primer3 של המכון הטכנולוגי של מסצ'וסטס, ה- Primer-Blast של המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגיה ו- OligoAnalyzer של טכנולוגיות DNA משולבות.