החסרונות של סופג מערבי

סופג מערבי הוא אחד ההליכים הנפוצים ביותר במעבדות ביוכימיות. בעיקרון, הוא מפריד חלבונים מדגימה לפי גודל, ואז בודק באמצעות נוגדנים כדי לקבוע אם קיים חלבון נתון. זה שימושי לא רק במחקר אלא גם במעבדות רפואיות או אבחנות; בדיקות הן עבור HIV והן עבור מחלת ליים, למשל, כוללות בדיקת assayorbent immunosorbent assay (ELISA), ואחריה כתם מערבי אם ELISA נבדק חיובי. למרות הפופולריות שלו, לעומת זאת, למחיקות מערביות יש כמה חסרונות.

כתמים מערביים קלאסיים אינם כמותיים. במילים אחרות, למרות שהם יכולים לומר לחוקרים אם יש חלבון מסוים, הם לא מאפשרים לכמת כמה מהחלבון קיים. חלק מחברות הביוטכנולוגיה מוכרות כיום ערכות המאפשרות לחוקרים או טכנאי מעבדה לכמת את כמות ה חלבון הקיים באמצעות עקומה סטנדרטית - אך זה עובד רק אם יש דגימות טהורות של אותו חלבון זמין. יתר על כן, ניתן לאמוד את המשקל המולקולרי של חלבון רק באמצעות סופג מערבי, במקום לקבוע אותו במדויק כמו בספקטרומטר מסה.

כתם מערבי יכול להתבצע רק אם קיימים נוגדנים ראשוניים כנגד החלבון שמעניין. למרות שנוגדנים לחלבונים רבים ושונים זמינים מחברות ביוטכנולוגיה, הם אינם זולים; אם אין נוגדנים ראשוניים לחלבון מסוים, לא ניתן יהיה לבצע כתם מערבי המחפש את החלבון המסוים. יתר על כן, חוקרים עשויים לרצות לקבוע אם חלבון השתנה בצורה כלשהי - אם הוא זרחן (היה לו קבוצת פוספט המחוברת אליו), למשל - ובטכניקת כתם המערבי הם זקוקים לנוגדנים ספציפיים לשינויים חֶלְבּוֹן.

זה יכול להיות מאתגר לבצע כתם מערבי כראוי ולהשיג תוצאות טובות, ולכן הצוות חייב להיות מאומן היטב. בזה כמו בהרבה דברים אחרים, הניסיון הוא אולי המורה הטוב ביותר; אפילו לטכנאי מנוסה, כתם מערבי גוזל זמן רב. החלק של ג'ל אלקטרופורזה של הניסוי, למשל, ייקח בדרך כלל שעה עד שעתיים לרוץ. ניתן לבצע משימות אחרות בזמן שהג'ל פועל, כמובן, אך הניסוי עדיין לוקח לא מעט זמן להשיג תוצאות.

נוגדנים עשויים לפעמים להציג כריכה מחוץ למטרה, מה שעלול לגרום לתוצאות גרועות יותר. יתר על כן, עם סופג מערבי, אתה משתמש בנוגדן כנגד חלבון ספציפי, כך שהתוצאות שלך יגידו לך רק אם החלבון היה קיים. לעומת זאת, ספקטרומטריית מסה ברזולוציה גבוהה חושפת את כל החלבונים הקיימים במדגם, ובניגוד לסופג מערבי קלאסי הוא כמותי. חשוב לזכור, כמובן, שספקטרומטריית מסה היא הרבה יותר יקרה וגם מאתגרת יותר מבחינה טכנית בהשוואה לסופג המערבי.