תרשימי זרימה חיידקיים מספקים עזרה חזותית לזיהוי מהיר של מיני חיידקים. כדי ליצור תרשים זרימה, זהה תחילה את המאפיינים המשותפים של קבוצות החיידקים השונות כדי לא לכלול קבוצות שאינן רלוונטיות, וכדי לקבוע ביעילות רבה יותר את החיידקים הנוכחים. למגוון תוכנות יש את האלמנטים הגיאומטריים הדרושים להתמודדות עם קבוצה אחת בכל פעם, לפי כתם גראם וצורה. זן נפוץ של חיידקי עור, Staphylococcus aureus, מציע מקום מצוין להתחיל בו, כאשר כל שלב בתרשים הזרימה מוגדר בצורה גיאומטרית כגון מלבן, אליפסה, ריבוע או תיבה עם קווים המחברים כל שלב עוקב מתחת לתרשימי זרימה מיושרים אנכית ואופקית לתרשימים מכווני נוף.
כתוב או הקלד "Gram Stain" כמבחן העיקרי וצר שני תקלות מהתיבה הזו. סמן את הצילומים כ"גראם חיובי "ו"גראם שלילי". כתמים חיוביים לגראם, כמו סטפילוקוקוס, נראים סגולים וכתמים שליליים גראמיים, כגון E. קולי נראה אדום. חיידקים מחולקים לשתי קבוצות אלו והכתמת גרם היא הבדיקה הראשונה שנערכה לאדם לא ידוע מדגם, שכן מדובר בהליך פשוט וזול המאפשר לאחוז גדול של אפשרויות להיות מוּשׁלָך.
הזן את האפשרויות הבאות בתיבה או צורה אחרת בתרשים הזרימה, המזהה את צורת החיידקים המתקבלים מניתוח מיקרוסקופי של כתם הגראם. סוגי צורות הם מוטות, קוקי, כדורים או ביציות, ספיריליה, מוטות מפותלים ספירלה, ספירוכטים, מוטות מפותלים ספירלה ארוכים ודקים מאוד, עם ניצנים ותוספות וחלקים חוטיים דמויי חוט. מוטות וקוצ'י הם הנפוצים ביותר. סטפילוקוקוס מזדהה כקוקוס.
פצל את השלבים הבאים, תיבות או צורות אחרות של בחירה, לבדיקות ביוכימיות עבור כל ענף של תרשים הזרימה. אלה נבדלים בין הצורות השונות של קבוצות הגראם. המבחן העיקרי לקוקסי חיובי גרם הוא בדיקת הקטלאזה באמצעות מי חמצן, והאפשרויות המתקבלות הן קטלאז חיוביות או קטלאזות שליליות. לדוגמא, מינים של מיקרוקוקוס וסטפילוקוקוס בודקים חיוביים ובדיקות סטרפטוקוקוס שליליות. דוגמאות לצעדים אחרים לקבוצות מחוץ לתוצאות החיוביות שאינן קוקיות, שאינן גרם, כוללות תסיסה של לקטוז או אי-תסיסה עבור מוטות שליליים של גרם.
ניתוח תכונות התסיסה של החיידקים באלמנט הבא של תרשים הזרימה. החיידק מתסיס או מתחמצן. סטפילוקוקוס אוראוס הוא תסיסה בניגוד למיקרוקוקוס, שהוא מחמצן.
הוסף קו וצורה נוספים לתרשים הזרימה. שלב זה מייצג בדיקה לקרישה, בדיקה ביוכימית הנקראת קרישה. סטפילוקוקוס אאורוס מייצר את האנזים הקואגולאז, וכאשר הוא נבדק במדיום מתאים, גורם לקריש דמוי ג'לי. כל שאר הסטפילוקוקים נבדקים כשליליים של קרישה.
צעדים חלופיים לקבוצות אחרות של חיידקים כוללים בדיקת אוקסידאז למוטות שלילי גרם, או תסיסה מהירה או איטית של לקטוז.