אולי הדרך החשובה ביותר שבה נבגי עובש נבדלים מאנדוספורות חיידקיות היא שתבניות מסווגות כפטריות גבוהות יותר. ככאלה הם מציגים את מה שביולוגים מכנים את סוג התא האוקריוטי. לעומת זאת, אנדוספורות חיידקיות נוצרות מחיידקים שמסווגים - כקבוצה - כבעלי סוג התא הפרוקריוטי. ההבדל בין התא הפרוקריוטי לתא האוקריוטי הוא הבסיסי בביולוגיה. במונחים הפשוטים ביותר, תא החיידק הוא מבנה פשוט בהרבה.
התא האוקריוטי - כמו שנמצא בנבגי עובש - גדוש במכלול של מבנים תאיים הנקראים אברונים. אברונים מבצעים כל מיני פונקציות של תאים ואחד האברונים הבולטים ביותר הוא הגרעין. גרעין התא האוקריוטי של נבגי עובש מכיל את ה- DNA המאפשר לתא לתפקד ולהתרבות. זאת בניגוד לאנדוספורות חיידקיות בהן ה- DNA חופשי פחות או יותר בציטופלזמה של התא.
מלבד הגרעין, תא נבג העובש האוקריוטי מכיל אברונים כמו הרטיקולום האנדופלזמי או ER. ה- ER דומה למעשה למבוך של ממברנות מקופלות בו מתבצעים תהליכים ביוכימיים רבים החיוניים לתא. בנבגי עובש ה- ER מחובר למעטפת הגרעינית, קרום המקיף את גרעין התא. באנדוספורות חיידקיות הסדר זה לוקה בחסר.
אנדוספורות חיידקיות אינן כוללות כמעט אף אחת מרמת התחכום הסלולרי הקיימת בנבגי עובש אוקריוטיים. הבחנה נוספת בין אנדוספורות חיידקיות לנבגי עובש - מלבד ההבדל הבסיסי בסוג התאים - היא התפקיד שהם ממלאים בתולדות החיים שלהם. אנדוספור חיידקי הוא מבנה עמיד שנוצר בתוך התא של חיידק. בניגוד לנבגי עובש, האנדוספור החיידקי מותאם במיוחד לעמוד בתנאים סביבתיים קשים. מאפיין מרכזי של אנדוספורות חיידקיות הוא תרכובת הנקראת חומצה דיפוליקולינית. תרכובת זו, אף על פי שאינה נפוצה בנבגי עובש, היא מכילה בתיווך עמידות האנדוספורות החיידקיות בתנאים סביבתיים קשים.
ישנם הבדלים רבים אחרים בין אנדוספורות חיידקיות לנבגי עובש. לרובם יש, שוב, קשר להבחנה המהותית בין התא האוקריוטי לתא הפרוקריוטי. אברונים רבים אחרים מלבד אלה שתוארו קיימים בנבג העובש אך נעדרים באנדוספור החיידקי. אלה כוללים מבנה המכונה מנגנון גולגי ואחרים כמו מה שנקרא נוקלאולוס. הגרעין הוא מבנה בתוך גרעין התאים האוקריוטים והוא פעיל בסינתזת חלבונים קריטית לתפקוד התאים. אנדוספורות חיידקיות מבצעות רבות מאותן פונקציות חיוניות כמו נבגי עובש, אך הן עושות זאת ללא היתרונות של אברונים מתוחכמים המופיעים בנבג העובש.