שקיות ביו-מסוכנות אדומות שמורות בדרך כלל לפסולת רפואית, אך הן יכולות לשמש גם לעיבוד מזון או לפסולת ביוטכנולוגיה המכילה חומר שעלול להידבק. חומרים אלה כוללים כפפות או כל ציוד מגן אישי אחר שעליו דם או נוזלי גוף אחרים - כמו גם תרבויות דגימה של בני אדם או בעלי חיים. ניתן למקם פסולת מתרבויות אחרות או גורמים זיהומיים בשקיות ביו-מסוכנות אדומות.
בהחלט לא אמורים להיכנס כמה שקיות לשקיות ביו-מסוכנות אדומות, על פי Stericycle, יצרנית שקיות ביו-מסוכנות, בפוסט "שאלות נפוצות בנושא פסולת רפואית ופינוי חדים". פריטים אלה כוללים: בלוני גז דחוסים, חפצים חדים, פסולת כימית, פסולת רדיואקטיבית, חומרים משמרים, חומרים משמרים, פסולת ביתית או מזון, וביוטכנולוגיה או פסולת מזון שאינה מכילה זיהומיות סוכנים. בכמה תחומי שיפוט ניתן לחטא פסולת ביו-מסוכנת נוזלית ולהשליך אותם למערכת הביוב. יש תחומי שיפוט המשתמשים בשקיות ביו-מסוכנות שקופות לזרוק תרופות או חומרים מבוקרים אחרים.
יש לטפל תמיד בזהירות בשקיות ביו-מסוכנות אדומות. יש להשתמש בשקיות מוכנות או בשימוש בתור ספינות בתוך מיכל משני, רצוי מיכל קשיח עם מכסה צמוד. המכל לא צריך להיות עשוי מקרטון או מכסה מתנדנד, על פי בית הספר לרפואה בסטנפורד במאמרו באתר "פיקוח על פסולת רפואית" רשימת ביקורת. "יש לסמן את כל הצדדים והמכסה של מיכל משני כ"פסולת ביולוגית מסוכנת." יש לסמן מכולות משניות בהתאם למדינה ופדרלית. תַקָנוֹן.
בעת טיפול בשקיות ביו-מסוכנות מלאות לסילוק, יש ללבוש ציוד מגן אישי מתאים, כולל מעיל מעבדה, משקפי בטיחות וכפפות גומי. הימנע מנגיעה בידיות ובמשטחים במידת האפשר. יש להעביר את השקיות למיכל איסוף הפסולת המתאים ביותר. אם תיק דולף, יש להניח אותו מיד במיכל האיסוף המשני. לאחר טיפול בשקיות מלאות לסילוק, יש להסיר כפפות ולשטוף ידיים כראוי. יש לנקות ולחטא באופן קבוע מיכלים משניים.