שטח ביצה טבעי הוא מערכת אקולוגית מורכבת. בדומה למערכות אקולוגיות אחרות, בין אם הן יבשות ובין אם מבוססות על מים, גורמים רבים משפיעים על צורתם ובתפקודן של הביצות. גורמים ותהליכים ביוטיים ואביוטיים הם חלק בלתי נפרד מהמערכת האקולוגית הטבעית של הביצות. המונח "ביוטי" מתייחס ליצורים חיים. המונח "אביוטי" מתייחס לחומרים, לתהליכים או לגורמים שאינם חיים.
מים
המים עצמם הם אולי הגורם האביוטי המהותי בשטחי מים טבעיים. למרות שהם חיוניים כמעט לכל התהליכים הביולוגיים, המים עצמם אינם חיים והם יכולים להתרחש ללא תלות ביצורים חיים. באזורים לחים טבעיים, מים הם המדיום בו המערכת האקולוגית כולה מתקיימת ומתפקדת. שטחי ביצות באזורים שהוסגרו בעבר - בצורת יריעות קרח מסיביות - עשויים להיות חייבים את ראשיתם המוקדמת בהשפעות הגילוף החזקות של הקרחון. לכן, אפילו מים בצורה שונה באופן דרמטי זה היוו גורם משמעותי בהתפתחות השטחים.
אוויר
בניגוד למים, האוויר מורכב ביותר מתרכובת כימית אחת. חמצן, חנקן, פחמן דו חמצני וכמה חומרים גזיים אחרים יוצרים את ההרכב הכימי של האוויר. אוויר, ובמיוחד החמצן הכלול בתוכו, הוא גורם אביוטי קריטי נוסף בשטחי הטבע. כמעט כל מערכת אקולוגית של ביצות כוללת סוגים רבים של צמחים ובעלי חיים. צמחים ירוקים משתמשים בפחמן דו חמצני מהאוויר; בתורם, הם משחררים חמצן כמוצר פסולת. בעלי חיים עושים את ההפך; הם לוקחים ומשתמשים בחמצן ומוציאים פחמן דו חמצני כמוצר פסולת. למרות שיש אורגניזמים שיכולים ואכן חיים וצומחים בהיעדר חמצן, הרוב המכריע של צורות החיים בשטחי מים טבעיים - הן מתחת למים והן מעל פני השטח שלהם - דורשים חמצן מהאזור אוויר.
אוֹר שֶׁמֶשׁ
אור מהשמש מהווה גורם אביוטי חיוני באזורים לחים טבעיים. אור השמש מספק את האנרגיה הדרושה לצמחים לצורך ביצוע פוטוסינתזה. אותה אנרגיה מועברת לאורגניזמים אחרים בביצה דרך שרשרת המזון או רשת המזון. וטמפרטורה, כמובן, היא גורם אביוטי הקשור ישירות לכמות האנרגיה שאותה מקבל הביצה מהשמש.
מינרלים
מתחת למים, בתחתית שטח מים טבעי, נמצאים חומרי משקע מסוגים שונים. חלק ניכר מחומר זה הוא אורגני או ביוטי ונובע משרידים מתפרקים של אורגניזמים חיים בביצה. אבל יש גם מרכיב מינרלי לחומר המשקע הזה. חלקיקים מינרליים מסוגים וגדלים שונים משתלבים בחומר האורגני. בדיוק כמו במערכות אקולוגיות יבשות, על צמחים בשטחי הטבע הטבעיים להשיג חומרים מזינים מינרליים אביוטיים כדי לחיות ולצמוח. ומינרלים אינם מוגבלים למשקעים התחתונים; הם יכולים להיות מומסים ישירות למים, שם הם יוצרים תערובת כימית טבעית מורכבת, אשר משפיעה על גורמים כמו pH, מדד לחומציות במים.
סלעים
בנוסף לחלקיקים הקטנים יחסית של משקעים מינרליים, ישנם לעתים קרובות סלעים גדולים יותר בגדלים וסוגים שונים בביצות. בין אם שכבה מסיבית ורציפה של סלע האם המונחת מתחת לשטח הביצה ויוצרת את יסודה, ובין אם קטנה יחסית סלעים הנמצאים מתחת למים או הבולטים מעל פני השטח, סלעים הם גורם אביוטי משמעותי אצל רבים ביצות. מלבד מתן מצעים לצמחים ובעלי חיים לצמוח עליהם או להיטבע עליהם, סלעים - דרך תהליכי בליה טבעיים - מתפרקים בהדרגה ומספקים חומרים מזינים מינרליים לחלל מערכת אקולוגית.