במדבר מוג'בה חיים כמה קהילות מדבריות שצומחות במהירות והוא נגיש לאוכלוסיות גדולות הגובלות במדבר. זיהום מפעילות עירונית, חקלאית וכרייה משפיע קשות על מערכות אקולוגיות מדבריות עדינות של מוג'אבה וגם מסכן את בריאות האדם. בנוסף, מספר רב של אנשים משתמש במוג'בה לבילוי, וגורם להשפלות נוספות.
זיהום מים
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
מים הם משאב נדיר במוג'בה. כמעט כל המים למגורים, תעשייה וחקלאות מקורם במי תהום. מקורות מים כבר מוקצים יתר על המידה. על פי תחזיות גידול האוכלוסייה, צופים כי הביקוש יעלה על ההיצע עוד בחיינו. נסיגת מים מנקזת שטחי מים ונהרות, והורסת בית גידול עבור מינים רבים של דגים וחיות בר, שחלקן ייחודיות למוג'בה. מים מסוימים מוחזרים לאקוויפרים ולמים עיליים, אך מכיוון שמים אלה מתנקזים מאדמות עירוניות, חקלאיות וכרייה, הם מזוהמים לרוב בכימיקלים, מתכות וחומרי הזנה.
צמחים פולשניים
•••Stockbyte / Stockbyte / Getty Images
העשרת חנקן של אדמה, הנגרמת על ידי נפילה יבשה של מזהמים מהאוויר, יחד עם הפרעה בקרקע הפכו את המוג'בה למקלט לצמחים פולשים. לתזוזה של מיני צמחים מקומיים לפי מינים פולשים יש השפעות שליליות רבות על המערכת האקולוגית של מוג'בה. צמחים פולשניים עשויים שלא להתאים לחיות בר מקומיות, שלעתים קרובות תלויות בצמחייה מקומית לצורך אוכל או מחסה. בנוסף, עם הגידול ההולך וגדל של צמחים שהוצגו בא פוטנציאל לפלישה של בעלי חיים שהוצגו. כמה מיני צמחים פולשניים נפוצים הם מלח מלח, עשבי ברום, פלפל רב שנתי וגדילן רוסי. מינים אלה צומחים על פני שטחים גדולים בהרבה מאשר צמחים מקומיים, ומספקים דלק נוסף לשריפות שהפכו תכופות ואינטנסיביות יותר. זוהי בעיה גדולה עבור מערכות אקולוגיות של מוג'בה, שאינן רגילות לצריבה תכופה.
זיהום אוויר
•••Photos.com/Photos.com/Getty Images
ישנם שני מקורות עיקריים לזיהום אוויר במוג'בה. הראשון הוא ערפיח שמועבר למדבר מערים גובלות. ערפיח מכיל ריכוזים גבוהים של פחמן חד חמצני וחנקן דו חמצני, כמו גם אוזון, חומר חלקיקי ומתכות. מזהמי אוויר אלה גורמים לראות ירודה, לבעיות בריאות האדם ולפגיעה בצמחים ובעלי חיים. המקור השני הוא הפרעה לאדמת המדבר הנגרמת על ידי פעילויות כמו בילוי בשטח, חקלאות, הקמת תשתיות, תרגילי אימונים צבאיים ופעולות כרייה. פעילויות אלה מייצרות אבק, שיכול להצטבר לכדי אגמים גדולים. זה הוכיח כי הוא פוגע במיוחד בצמחיית המדבר. במאמר שפורסם בגיליון אוגוסט 1997 של "כתב העת לאקולוגיה שימושית", החוקרים מצאו כי אבק מנופח ברוח הפחית את שיעורי פוטוסינתזה של שלושה מיני צמחי Mojave מקומיים על ידי מניעת החלפת גזים ונשיפה, וגורם ליעילות מופחתת של שימוש במים.
זיהום המלטות
•••Jupiterimages / Photos.com / Getty Images
מדבר מוג'בה הוא בית גידול קריטי עבור צב המדבר, שנמצא כיום בסכנת הכחדה על ידי שירות הדגים והחי של ארה"ב. את ירידתו של צב המדבר ניתן לייחס לחלוטין לשינויים בבתי גידול המושרים על ידי האדם. מאמר שהתפרסם בגיליון ינואר 2007 של "טבע הטבע המערבי בצפון אמריקה" מדווח על השפעות המלטה על צבי המדבר במדבר מוג'בה. המחברים מציינים כי מוות או פגיעה בצבים שנתפסו במלטה, או שצורכים פסולת, אינם חדשים. לאחר שהיו עדים לצב שאוכל בלון, הם ציינו כי 178 בלונים חדשים נשבו לאתר הלימוד שלהם במוג'בה במשך תקופה של תשעה חודשים. סוגים רבים אחרים של חיות בר מושפעות לרעה גם מאשפה שהושלכה.