מערכות אקולוגיות במים הן כל סביבה על בסיס מים בה צמחים ובעלי חיים מתקשרים עם התכונות הכימיות והפיזיקליות של הסביבה המימית. מערכות אקולוגיות במים נחלקות בדרך כלל לשני סוגים - המערכת האקולוגית הימית והמערכת האקולוגית במים מתוקים. המערכת האקולוגית הגדולה ביותר במים היא המערכת האקולוגית הימית, המכסה מעל 70 אחוז משטח כדור הארץ. אוקיינוסים, שפכים, שוניות אלמוגים ומערכות אקולוגיות בחוף הם סוגים שונים של מערכות אקולוגיות ימיות. מערכות אקולוגיות של מים מתוקים מכסות פחות מאחוז אחד מכדור הארץ ומחולקות לשטחים לוטיים, עדשים ורטובים.
מערכות אקולוגיות באוקיאנוס

•••ShinOkamoto / iStock / Getty Images
לכדור הארץ חמישה אוקיינוסים עיקריים: אוקיינוס השקט, האוקיאנוס ההודי, האוקיאנוס הארקטי, האוקיאנוס האטלנטי והאוקיאנוס הדרומי (אנטארקטיקה). אף על פי שהאוקיאנוסים מחוברים, לכל אחד מהם מינים ותכונות ייחודיים. לדברי ברברה א. סומרוויל (ביומים של כדור הארץ: אוקיינוסים, ים ושוניות), האוקיאנוס השקט הוא האוקיאנוס הגדול והעמוק ביותר והאוקיינוס האטלנטי הוא השני בגודלו.
באוקיינוסים חיים מינים שונים של חיים. מי האוקיינוס הארקטי והדרומי הם קרים מאוד אך מלאים חיים. האוכלוסייה הגדולה ביותר של קרילים (יצורים ימיים קטנים דמויי שרימפס) שוכנת מתחת לקרח של האוקיאנוס הדרומי.
החיים בשפכים

•••פוטודיסק / Vision Digital / Getty Images
שפכי שפכים הם מקומות שבהם נהרות פוגשים את הים וניתן להגדירם כאזורים בהם מים מלוחים מדוללים במים מתוקים. שפכי נהרות, מפרצי חוף, ביצות גאות ושדות מים מאחורי חופי מחסום הם כמה דוגמאות לשפכים. הם מייצרים ביולוגית מכיוון שיש להם סוג מיוחד של זרימת מים הלוכדת חומרים מזינים מהצומח ומגרה ייצור ראשוני.
שוניות אלמוגים

•••vilainecrevette / iStock / Getty Images
על פי הסוכנות להגנת הסביבה, שוניות האלמוגים הן המערכות האקולוגיות השנייה בעושרה בעולם ויש בהן מגוון רחב של צמחים ובעלי חיים. כתוצאה מכך, שוניות האלמוגים מכונות לעתים קרובות יער הגשם של האוקיאנוסים.
מערכות חוף

•••מילות סטילס / iStock / Getty Images
אדמה ומים מצטרפים ליצירת מערכות אקולוגיות בחוף. למערכות אקולוגיות אלו מבנה, מגוון וזרימת אנרגיה מובהקים. צמחים ואצות נמצאים בתחתית המערכת האקולוגית של החוף. החי מגוון ומורכב מחרקים, חלזונות, דגים, סרטנים, שרימפס, לובסטרים וכו '.
מערכות אקולוגיות לוטיות

•••תומאס נורת'קוט / Digital Vision / Getty Images
מערכות אקולוגיות לוטיות הן מערכות עם מים זורמים במהירות הנעים בצורה חד כיוונית כמו נהרות ונחלים. בסביבות אלו ישנם מינים רבים של חרקים כגון זבובונים, אבני זבוב וחיפושיות אשר פיתחו תכונות מותאמות כגון מקרים משוקללים כדי לשרוד את הסביבה. כמה מינים של דגים כמו צלופח, פורל ודגיג נמצאים כאן. יונקים שונים כגון בונים, לוטרות ודולפינים של נהרות מאכלסים מערכות אקולוגיות לוטיות.
מערכות אקולוגיות עדשות

•••ג'ון פוקס / סטוקבייט / Getty Images
מערכות אקולוגיות עדשות כוללות את כל בתי הגידול של מים עומדים כמו אגמים ובריכות. במערכות אקולוגיות אלה מתגוררים אצות, צמחים שורשיים ועלי צף וחסרי חוליות כמו סרטנים ושרימפס. דו-חיים כגון צפרדעים וסלמנדרות וזוחלים כמו תנינים ונחשי מים נמצאים גם כאן.
ביצות ושטחי ביצות

•••MSMcCarthy_Photography / iStock / Getty Images
שטחי ביצה הם אזורים ביצות ולעתים מכוסים במים בעלי מגוון רחב של צמחים ובעלי חיים. ביצות, ביצות וביצות הם כמה דוגמאות בעניין זה. צמחים כגון אשוחית שחורה וחבצלות מים נמצאים בדרך כלל באזורי ביצות. החי מורכב משפיריות ובורות גבעול, ציפורים כמו אנפה ירוקה ודגים כמו צפון פייק.