צמחי מים צומחים בעיקר במים. הם משתנים מאוד בסוגם, כאשר חלקם דומים למדי לצמחי קרקע נפוצים בעוד שאחרים שונים לגמרי. צמחי מים נופלים לאחד מארבעה סוגי מחלקות נפוצים: אצות, צמחים צפים, צמחים שקועים וצמחים שהגיחו. קיבוץ מבוסס על מיקום השורשים והעלים שלהם.
אצות הן הסוג העתיק והנפוץ ביותר של צמח מים. הם נמצאים בעיקר באוקיאנוס ואין להם שורשים, גבעולים או עלים. אצות קטנות ביותר אך הן הבסיס לשרשרת המזון באוקיאנוס. דוגמאות לאצות כוללות לינגביה ועשב מושק.
צמחים צפים אינם מחוברים לקרקעית המים, אך יש להם שורשים הסופגים מים. ניתן למצוא צמחים צפים במים מתוקים או במלח. העלים של צמחים אלה יציבים ונשארים שטוחים על מנת לספוג יותר אור שמש. דוגמאות נפוצות לצמחים צפים כוללים סוגים שונים של חבצלות (כמו שושן המים או שושן הבננה) ויקינתון המים.
צמחים שקועים או שקועים מושרשים לקרקעית המים ורוב הצמחייה שלהם נמצאת מתחת למים. העלים של צמחים אלה הם דקים וצרים. דוגמאות לצמחים שקועים כוללים הידרלות וטחב.
צמחים צמחים (המכונים גם צמחים) מושרשים לקרקע המים, אך מרבית צמחייתם מעל המים. צמחים אלה זקוקים לחשיפה מתמדת לאור השמש. דוגמאות לצמחים שהופיעו כוללות צמחים ושורש.
