החיים פורחים ביערות הגשם בקוסטה ריקה ובסביבות ימיות (אחד מכל 20 מכל מיני הצמחים ובעלי החיים ניתן למצוא בקוסטה ריקה), אך ישנם גם למעלה מ 100 מינים באיחוד הבינלאומי לשימור הטבע והמשאבים הטבעיים המצויים בסכנת הכחדה רשימה. כריתת יערות, המרת בתי גידול וזיהום הם האשמים מאחורי הנחתת מינים רבים.
יונקים
בקוסטה ריקה יש אחת מאוכלוסיות העטלפים העשירות בעולם, המורכבת ממחצית אוכלוסיית היונקים. מיני עטלפים ברשימה נעים בין עטלף הספקטרום הדורסני הגדול אל העטלף הלבן ההונדורי, באורך של כ- 37 עד 47 מ"מ בלבד, אם כי שניהם בסיכון נמוך. חתולים כמו החתול המנומר הקטן, הפומה הקוסטית-ריקאית והיגואר המרכז-אמריקאי נרדפו מהם בתי גידול, ותמרין צמר גפן, יללות מעטפות וראשוני קופי העכביש של ג'ופרוי הצטמצמו מאוד. יונקים מאוימים אחרים כוללים את נמלה הענק, צבי סמבר וטפיר של ביירד.
ציפורים
בקוסטה ריקה חיים 894 מינים של ציפורים, יותר מאשר בארה"ב ובקנדה ביחד. מתוכם למעלה מ -600 הם תושבי קבע, כולל המטרייה החשופה בצוואר חשוף, הגוואן השחור והמשזף בכחול וזהב, אך ציפורים כמו החרדנית והסרט האלגנטי נודדות. החוחית של קוקוס איילנד שוכנת על האי קוקוס, 360 קילומטרים מחופי קוסטה ריקה. זהו היחיד מחוחיו של דרווין שלא אנדמי לחלוטין לגלפגוס. ציפורים מאוימות אחרות כוללות מינים מוכרים כמו הנשר (עיט בודד שחור), מקאו (מקאו ירוק נהדר), יונק דבש (יונק דבש מנגרוב) ותוכי (תוכי אדום חזית).
זוחלים ודו-חיים
האיגואנה בעלת הזנב בעל חמשת הקליים וצב הבוץ בעל הגשר הצר הם מעט מהזוחלים הנמצאים בסכנת הכחדה, אך ישנם עוד רבים דו-חיים מאוימים, שרובם צפרדעים או סלמנדרות המיוצגות בדרך כלל על ידי מגוון רב ביערות הגשם סביבות. צפרדע עלה הלמור וצפרדע העץ של סטארט מופיעים בסכנת הכחדה קריטית. כך גם סלמנדר תולעת של אל אמפלה ושני מיני קרפדות: קרפדת הפיקו בלאנקו ועוברת קרפדת רגליים. קרפדת הזהב של מונטה ורדה לא נראתה מאז 1989 ונחשבת נכחדת.
דג
רוב הדגים בקוסטה ריקה ברשימת המינים בסכנת הכחדה הם כמעט מאוימים או פגיעים. אלה כוללים את מקבץ הזיתים, סוסון הים הפסיפי וכריש הכתר. מספר קרניים מופיעות ברשימה, כמו קרן החשמל באוזן השקט באוקיינוס השקט וקרן הקונסוזה באוקיינוס האטלנטי.
חסרי חוליות
ישנם מספר צללים מאוישים בסכנת הכחדה, חרקים שנראים דומים לשפיריות. אלה כוללים מינים בעלי גב שחור, מאורך, צ'יריקוויטה, קקאו ורוונטזון. רבים מהחרקים האחרים הנמצאים בסכנת הכחדה הם שפיריות מכוסות כמו הלימון, הדבשת, הקטגו, הר הגעש, האלג'ואלה ומינים קרניים. שני מינים של סרטנים במים מתוקים וכמה אלמוגים ימיים הגיעו גם הם לרשימת ה- IUCN.
צמחים
ישנם למעלה מ -9,000 מינים ידועים של צמחים בקוסטה ריקה. צמחים שנמצאים בסכנת הכחדה כוללים בני משפחת הקטניות כמו אבירמה והנחל, שהאחרון שואב את שמו מפירותיו דמויי הארטה. ישנם גם 24 מינים של הצמח הפורח eugenia, תשעה מינים של הצמח הארומטי quararibea ו שני מינים מהסוג virola, שקשור קשר הדוק לאגוז המוסקט ובעל פרחים צהובים עם חריף רֵיחַ. סוגים עיקריים אחרים מאוימים כוללים את האלמוג, הקריוסופילה של כף היד, ואת עץ העץ הנשיר ירוק-עד או יבש. ג'טרופה קוסטה ריקה, עץ manilkara ועץ gavilán blanco הם מיני צמחים מאוימים במיוחד.