למרות שכוחות טבעיים יכולים להרוס או למתוח אוכלוסיית בעלי חיים, יותר ויותר פעילויות האדם גרמו למספר רב של בעלי חיים לסכנת הכחדה. אומנם כמה בעלי חיים וצמחים, במיוחד בעלי חיים מבויתים כמו יבולים, בעלי חיים וחיות מחמד, נהנו ואף שיגשגו מהשינויים שהאדם עשה בעולם. עם זאת, כמה אוכלוסיות של בעלי חיים הושמו בלחץ אדיר כתוצאה משינויים אלה, ובמקרים מסוימים האוכלוסיות צונחות לרמות נמוכות משמעותית. אוכלוסיות קטנות או אורגניזמים עם תפוצה מוגבלת רגישים ביותר לגורמים הגורמים סכנה, בין אם מסתמכים על המילה הרגילה של המילה או על הגדרת המינים הנמצאים בסכנת הכחדה חוק פדרלי.
אובדן בית גידול
אחד הגורמים המשמעותיים ביותר לבעלי חיים בסכנת הכחדה הוא אובדן בתי גידול. בעוד בית הגידול עלול ללכת לאיבוד בגלל כוחות טבעיים (שינויי אקלים, שינויים גיאולוגיים), חלק ניכר מבית הגידול שאבד כיום נובע מפעילות אנושית. הקמת סכרים, כבישים מהירים, תעלות, עיור וחקלאות משפיעות באופן דרמטי על תושבי מערכות אקולוגיות מקומיות. גם כאשר חלקים מהמערכת האקולוגית נותרים שלמים ויוצרים "איים", בית הגידול המתקבל עשוי להיות קטן מדי או מפוזר מדי מכדי לתמוך במין.
מינים פולשניים
מינים פולשניים הם אחת הסיבות הביוטיות המרכזיות לסכנת חיים. מינים רבים המגיעים למערכת אקולוגית חדשה אינם מותאמים באופן מוחלט ומתים במהירות. עם זאת, מינים מסוימים מסוגלים לנצל את המערכת האקולוגית לרעת אורגניזמים מקומיים. מערכות אקולוגיות קטנות כמו אלה באיים מושפעות באופן משמעותי מהכנסת מינים פולשניים אך אפילו אוכלוסיות יבשתיות יבשתיות ואוקיאניות יכולות להיות הרוסות באמצעות תחרות או טורף על ידי פּוֹלֵשׁ.
ניצול יתר של משאבים
דיג יתר במיני דגים מסוימים הוא גורם ברור וישיר לחיה בסכנת הכחדה. אך אורגניזמים אחרים בתוך המערכת האקולוגית עלולים להיפגע (או להפיק תועלת) מניצול יתר של מין מסוים. לדוגמא, החשש שמא לוטרת הים בקליפורניה הרס את אוכלוסיית הבלונים הרג ללא הבחנה של לוטרות הים, ושינוי איזון התחרות הביוטית בין כמה אורגניזמים. צמצום לוטרות הים הביא לפיצוץ באוכלוסיית קיפודי הים שרעו בצומות האצות. כאשר האצות השתחררו מהתחתית ונשטפו לחוף, אורגניזמים שתלויים ביערות האצות הוכנסו למתח מוגבר.
פתוגנים ומחלות
התפשטות בעלי החיים המבויתים גם הפיצה את המחלות הקשורות אליהם לאזורים חדשים בעולם. במקרים מסוימים, המחלות נגעו באוכלוסיות ילידות שהיו בעלות עמידות מועטה לפתוגן הפולש. מחלות אלו עשויות להגיע לרמות מגיפה באוכלוסיית הילידים, ולהפחית את מספרן.
זיהום סביבתי
זיהום בצורות רבות סיכן בעלי חיים רבים. חומרי הדברה וכימיקלים אחרים המובאים למערכת אקולוגית עלולים לפגוע משמעותית במינים שאינם ממוקדים. לדוגמה, DDT המשמש להילחם נגד יתושים נקשר בסופו של דבר לירידות בשיעור הרבייה של ציפורים. צורות אחרות של זיהום כגון זיהום תרמי, אור ורעש יכולות להפחית את שיעורי ההישרדות של אוכלוסיות בעלי חיים מקומיות.