מים יכולים להיות מזוהמים על ידי מספר מקורות, החל ממפעלי טיהור שפכים ומפעלים ועד פעילויות כרייה, דרכים סלולות ונגר חקלאי, על פי הגנת הסביבה האמריקאית סוֹכְנוּת. לזיהום מים יש מגוון רחב של השפעות על חיי הצומח ועל הסביבה בכלל. זיהום במים לא רק פוגע בצמיחת הצמחים אלא גם מאפשר לצמחים לספוג כימיקלים מסוכנים מהמים ולהעביר אותם לבעלי חיים הנשענים עליהם לצורך הישרדותם. צמחים מעבירים גם את המזהמים הללו לבני אדם הצורכים אותם.
עלווה ונזק לנביחות
גשם חומצי מכיל חומצה גופרתית וחנקתית, העלולה לפגוע בעלים וקליפות העץ ולפגוע בשערות השורש העדינות של צמחים רבים. צמחים זקוקים לשערות שורש עדינות אלה כדי לספוג מים, על פי בית הספר התיכון Patchogue-Medford בניו יורק. גשם חומצי הוא תוצאה של ערבוב של תרכובות, כמו דו תחמוצת הגופרית ותחמוצות החנקן עם חמצן, מים וכימיקלים אחרים באטמוספרה. רבים מהתרכובות הגורמות לגשם חומצי נובעות מתחנות כוח השורפות דלקים מאובנים, כמו פחם, וכן מפליטה מאוטובוסים, משאיות ומכוניות.
סוגיות פוטוסינתזה
זיהום מים מחומרים עלול לשבש פוטוסינתזה בצמחי מים, על פי Tropical-Rainforest-Animals.com. פוטוסינתזה היא התהליך שבו צמחים משתמשים באנרגיה מאור השמש כדי לייצר סוכר, או גלוקוז, על ידי המרת פחמן דו חמצני לפחמימות. עם זאת, כאשר מים מזוהמים, יכולתם של מים להמיס גזים כגון פחמן דו חמצני מושפעת לרעה, מדווח TutorVista.com. מכיוון שצמחים הגדלים במים או באדמה רווי מים - המכונים גם הידרופיטים - תלויים בפוטוסינתזה לצורך הישרדותם, כל הפרעה בתהליך הפוטוסינתטי עלולה להרוג אותם.
בעיות קרקע
מים מזוהמים באדמה שוטפים את האדמה למעשה את חומרי המזון החיוניים שצמחים זקוקים להם. זיהום מים הופך את האדמה לחומצית ומשפיע לרעה על המסיסות של יוני התזונה, כמו יוני ברזל, מגנזיום, אשלגן וסידן. כתוצאה מכך, מים מסירים חומרים מזינים אלה במהירות רבה יותר מהאדמה ושולחים אותם לנחלים ואגמים, כך על פי אוניברסיטת קורנל בניו יורק. במיוחד סידן ומגנזיום הם קריטיים לגידול צמחים תקין. ברזל מסייע לצמחים ליצור את הפיגמנט הכלורופיל - הדרוש ליצירת מזון - ואילו אשלגן מסייע לצמחים להשתמש במים. ללא חומרים מזינים אלה, הצמחים הופכים לרגישים יותר לבצורת, זיהומים פטרייתיים וחרקים. זיהום מים משאיר בקרקע גם כמויות גדולות של אלומיניום שעלול להזיק לצמחים.