פתוגנים הם חיידקים הגורמים למחלות אצל מארחיהם. בעוד שלצמחים בדרך כלל יש יותר לחשוש מפטריות פתוגניות קרקעיות מאשר ממחלות חיידקיות קרקעיות, מגוון חיידקים פתוגניים החיים בקרקע גורמים למחלות גם בצמחים. ישנם יותר מדי מינים של פתוגני צמחי אדמה כדי לרשום את כולם, אך להלן כמה מהחשובים או הנפוצים ביותר. כמה מינים של חיידקים באדמה יכולים להוכיח מסוכנים או אפילו קטלניים גם לבני אדם.
קלוסטרידיום בוטולינום
ג. בוטולינום הוא חיידק חיובי גרם (כלומר חיידק הנבדק חיובי במבחן הצביעת גרם) היוצר נבגים קשים ועמידים. כאשר הנבגים מוצאים את התנאים המתאימים, הם נובטים ומתחילים לצמוח. הם יכולים לייצר חלבון קטלני הנקרא בוטולינום טוקסין, אשר פועל על מערכת העצבים בבני אדם וביונקים אחרים כדי לחסום שחרור של נוירוטרנסמיטר מפתח הנקרא אצטילכולין. ג. נבגי בוטולינום נמצאים באדמה ובמים באזורים רבים ברחבי העולם. הם אנאירוביים וגדלים רק בהיעדר חמצן; מצבים חומציים מעכבים את צמיחתם. למרות שג. בוטולינום גורם לעיתים למקרים קטלניים של מחלה הניתנת למזון הנקראת בוטוליזם, הרעלן העוצמתי המיוצר על ידי חיידק הפך גם שימושי לשיתוק רקמת שריר בבני אדם כחלק מרפואה או קוסמטיקה שונים נהלים. כאשר הוא משמש כסוכן טיפולי, רעלן הבוטולינום ידוע בשמו המסחרי, בוטוקס.
ארוויניה קרוטובורה
ה קרוטובורה הוא פתוגן הרסני ביותר הגורם למחלות במגוון רחב של צמחים, כולל תפוחי אדמה ורוב הירקות הבשרניים האחרים. חיידק גרמי שלילי זה בצורת מוט יכול לפלוש לגידולים בשטח או בזמן אחסונו. תת-המינים E. קרוטובורה קרוטובורה שורדת היטב בקרקע ובמים עיליים; הוא יכול לגדול באזורי השורש של גידולים רבים אחרים שאינם מארחים או אפילו מיני עשבים שוטים, תוך פולשים לתפוחי אדמה או לגידולים פגיעים אחרים כאשר ההזדמנות מציעה. מחלות תפוחי אדמה שכיחות הנגרמות על ידי E. carotovora כוללים blackleg, ריקבון גזע אווירי, ריקבון רך פקעת.
גרדת סטרפטומיס
גרדת Streptomyces הם חיידקים חיוביים גרם שיחד עם שני מינים אחרים של Streptomyces (S. חומצה וסיבית turgidiscabies) יכול להדביק תפוחי אדמה וגידולי שורש אחרים כמו סלק, צנון, לפת, גזר ופרנזינה. זה יוצא דופן בכך שהוא גדל, התאים יוצרים חוטים דומים לאלו שנוצרו על ידי פטריות - אם כי קטנים בהרבה. חוטים של ש. גרדת יכולה להתנתק כדי ליצור נבגים. החיידקים התפשטו באמצעות פלישה לרקמות צעירות ורעננות וכניסה לרקמות ישנות יותר באמצעות פצעים או פתחים טבעיים.
קסנתומונאס
Xanthomonas הוא סוג שכולל הרבה מחוללי צמח חשובים. למרות שהם לא נמשכים זמן רב מאד בקרקע, מינים מסוימים יכולים לשרוד באדמה במהלך החורף ולהדביק יבול חדש באביב. כמו כל שאר הפרוטאובקטריות, הן שליליות גרם. המין X. campestris גורם לריקבון שחור במגוון רחב של צמחים והוא אולי החבר החשוב ביותר בסוג. באופן אירוני, אותו חיידק גדל באופן מסחרי כדי לייצר מסטיק קסנתן, תוסף מזון נפוץ.