צנטריפוגה היא מכשיר המורכב מתא שמסתובב על ציר מרכזי. תנועת הסיבוב גורמת להפרדה בין חומרים על בסיס כוח המשיכה השונה שלהם. רוטור צנטריפוגה הוא היחידה המסתובבת של הצנטריפוגה, שיש בה חורים קבועים שנקדחו בזווית. מבחנות מונחות בתוך חורים אלה והרוטור מסתובב בכדי לסייע בהפרדת החומרים. ישנם שלושה סוגים של רוטורי צנטריפוגה: דלי נדנדה, רוטורים זווית קבועה ואנכית.
רוטור דלי נדנדה תומך בדרך כלל בדגימות הנעות בין 36 מ"ל ל -2.2 מ"ל. דליי תנופה יכולים לתמוך בשני סוגים של הפרדות: קצב אזורי ואיזופיקני. דליים נדנדים עדיפים להפרדות אזוריות, מכיוון שהמרחק בין החלק החיצוני של המניסקוס לחלק התחתון של החלק התחתון של הצינור הוא ארוך מספיק כדי להתרחש הפרדה.
רוטורים בעלי זווית קבועה משמשים בדרך כלל ליישומי גלולה לחלקיקי גלולה מהשעיה ולהסיר את הפסולת העודפת, או לאיסוף הגלולה. חללי הרוטור נעים בין 0.2 מ"ל ל -1 מ"ל. ההיבט החשוב ביותר בהחלטה על שימוש ברוטור בעל זווית קבועה הוא גורם K. גורם K מציין כמה יעיל הרוטור יכול לגלוש במהירות מקסימאלית. ככל שפקטור K נמוך יותר, כך יעילות הקליעה גבוהה יותר.
רוטורים אנכיים הם מאוד מתמחים. הם משמשים בדרך כלל ללהקת DNA בצזיום כלוריד. לרוטורים אנכיים יש גורמי K נמוכים מאוד, דבר שימושי אם החלקיק חייב לנוע רק מרחק קצר עד שהוא מתגלגל. זמן ההפעלה ברוטורים אנכיים קצר.