Un allele è una possibile sequenza codificante di un gene. Un malinteso comune o una terminologia errata è che ci siano geni per tratti specifici. I geni controllano diversi tratti di un organismo, come il colore dei capelli o il colore degli occhi, ma l'espressione effettiva di un tratto dipende da quale allele è dominante. Ad esempio, il gene per il colore degli occhi negli esseri umani può avere un allele per gli occhi marroni e un allele per gli occhi azzurri, o un allele per gli occhi marroni e uno per gli occhi verdi. Gli esseri umani, così come le altre forme di vita che hanno due copie di ogni cromosoma, hanno anche due copie di ogni gene per immagazzinare gli alleli.
Le due copie di un gene, una su ciascuno dei cromosomi, contengono ciascuna un allele. L'omozigosi si verifica quando le due copie del gene contengono lo stesso allele per un particolare fenotipo o tratto espresso. L'eterozigosi si verifica quando i due alleli sono diversi. I fenotipi possono essere dominanti o recessivi. Se un fenotipo è dominante, deve essere presente solo uno degli alleli per esso. Se è recessivo, devono essere presenti entrambi gli alleli.
Secondo lo Utah State Office of Education, un quadrato di Punnett può essere utilizzato per prevedere la probabilità che un particolare genotipo si verificherà nella prole prendendo gli alleli dei due genitori e combinando loro. Il genotipo influenzerà il fenotipo, a seconda che gli alleli siano dominanti o recessivi. Il quadrato di Punnett di base è diviso in quattro quadrati più piccoli. I possibili geni di un genitore sono elencati sopra i due riquadri superiori, l'altro accanto scende verticalmente lungo il lato sinistro. Le lettere maiuscole indicano alleli dominanti e le lettere minuscole indicano alleli recessivi. Ad esempio, un gene dominante omozigote per gli occhi marroni verrebbe scritto come BB e uno eterozigote come Bb. Un gene recessivo omozigote si scriverebbe come bb. Prendendo le lettere adiacenti a ciascun quadrato, per un incrocio Bb x Bb, la probabilità di un genotipo BB sarebbe del 25 percento, Bb del 50 percento e bb del 25 percento. In termini di fenotipo, la prole ha una probabilità del 75% di avere gli occhi marroni perché gli occhi marroni sono un fenotipo dominante, secondo sciencekidsathome.com.