L'ecosistema delle Florida Keys è costituito da diversi habitat, tra cui mangrovie, barriere coralline e pinete, ricchi di specie uniche. Anche gli esseri umani fanno parte dell'ecosistema e le loro attività influenzano tutti gli habitat e gli animali e le piante che li abitano. L'ecosistema di Keys è composto da una piccola area di terra, quindi gli impatti delle attività umane sono amplificati. Gli impatti includono l'inquinamento delle acque, l'aumento delle specie invasive, la pesca eccessiva, gli effetti negativi della nautica e dello sviluppo urbano e il cambiamento climatico globale.
La popolazione umana dell'area conosciuta come Florida sudorientale o Florida Keys è cresciuta di oltre 3,9 milioni dal 1970 al 2008. Gli aranceti hanno lasciato il posto a complessi residenziali, centri commerciali, industrie e autostrade. Questi cambiamenti hanno portato alla distruzione degli habitat naturali. Inoltre, è aumentato l'inquinamento dell'acqua, causato dal trattamento delle acque reflue e dal trabocco settico e dal deflusso delle acque piovane che contengono petrolio, pesticidi e metalli pesanti.
Nel 2010 ci sono stati 3,8 milioni di visitatori al Keys. Molti di questi visitatori erano impegnati in attività come la pesca. Oltre ai turisti e ai residenti impegnati in queste attività ricreative, la pesca commerciale è una grande industria nella zona. La pesca eccessiva ha impoverito le specie nell'ecosistema di Keys, lasciando pesci più piccoli e modificando le interazioni della complessa rete alimentare.
La navigazione nella zona ha portato non solo a lesioni dirette ai lamantini causate dalle eliche, ma le eliche hanno anche sfregiato ampie aree di alghe. Le barche si arenano e danneggiano le barriere coralline mentre le ancore strisciano su queste delicate formazioni. Ogni anno nelle Keys si verificano più di 500 incagli. Ciò distrugge l'habitat e influisce negativamente sull'intera catena alimentare, portando a un'ulteriore perdita di specie.
Mentre gli umani si spostano, portano con sé specie provenienti da altre aree che possono essere rilasciate nell'ecosistema. Queste specie possono stabilirsi e poiché non hanno predatori, diventano specie autoctone di grande successo, superando la concorrenza e modificando le dinamiche dell'intero ecosistema. Animali e piante invasivi nelle Florida Keys includono il pesce leone e l'erba della Guinea. Oltre a tutti questi impatti locali diretti e indiretti, si prevede che gli effetti del riscaldamento globale riscalderanno le acque in l'area da 4 a 10 gradi Fahrenheit e innalzare il livello del mare, causando probabilmente cambiamenti troppo rapidi per l'ecosistema riparazione.