Le conifere presentano due tipi di coni: il cono del polline e il cono del seme. Alcune conifere hanno entrambi i tipi di coni sullo stesso albero, rendendo possibile l'impollinazione dell'albero stesso. L'impollinazione incrociata si verifica quando un albero produce solo coni di seme e quindi deve essere fertilizzato dal polline che si sposta ai coni di seme dai coni di polline situati su altri alberi vicini.
I coni di polline sono caratteristicamente più piccoli e più larghi dei coni di semi. I coni di polline tendono a seccarsi e muoiono una volta che il polline all'interno dei coni è stato rilasciato per fertilizzare i coni dei semi. Nella sua fase dormiente, una gemma di conifera può essere maschio, femmina o vegetativa. La distinzione tra i tipi di gemme in questa fase è possibile solo mediante dissezione. Un indizio che può aiutare con l'identificazione del cono pollinico è la sua posizione. I coni dei semi tendono a svilupparsi più in alto nell'albero per favorire la dispersione una volta che i semi sono stati impollinati.
I coni di semi sono comunemente usati per identificare il tipo di albero perché rimangono sopra o sotto l'albero per un periodo di tempo più lungo. Le sottili gemme del cono del seme si gonfiano per quattro-sei settimane fino a quando le squame ovulifere con punta rossa o verde iniziano a emergere. Le squame tendono a piegarsi in posizione verticale dalla base del cono e poi abbassarsi dopo aver accettato il polline dai coni pollinici per avviare lo sviluppo del seme e segnalare la maturità del cono.
Alcune conifere non hanno né polline né coni di semi. Invece, l'albero produce frutti che ricoprono parzialmente i semi. Il tasso canadese è un esempio di conifera che produce arilli che contiene una copertura carnosa per contenere i semi dell'albero. Al fine di prevenire un'eccessiva perdita di semi a causa di predatori di animali e uccelli che potrebbero volersi cibare del frutto del tasso, questo albero si è adattato in modo che il suo frutto è tossico e i semi sono rimasti indisturbato.
Le conifere coniche, o pinophyta, sono classificate come gimnosperme (seme nude) perché i loro ovuli e semi non sono racchiusi all'interno delle ovaie o si trovano all'interno di coperture protettive dei frutti. Se una conifera ha sia polline che coni di semi sullo stesso albero, viene ulteriormente classificata come sporofito diploide. Una volta formati i semi dopo l'impollinazione, le squame del cono si aprono per rilasciare i semi per la dispersione dall'acqua, dal vento e dal movimento dell'uomo e degli animali.